Bootle FC er en engelsk fotballklubb fra Bootle i Merseyside i England. De spiller i North West Counties Football League Division Two etter å ha rykket opp fra Liverpool County Combination i 2006. De spiller sine hjemmekamper på Bucks Park, som har en kapasitet på 5000 med 400 av dem som er sitteplasser.
Den opprinnelige klubben Bootle FC spilte en sesong i The football league i 1892/93-sesongen, men droppet ut etter en sesong og ble oppløst.
I 1953 ble et nytt Bootle FC etablert. I 1974 ble de med i Lancashire Combination som de vant i 1976 og 1977. Da ble de med i Cheshire County League som senere ble en av ligaene som dannet North West Counties League, som de ble i helt til 2002 da de rykket ned til Liverpool County Combination i 2006 kom de seg tilbake opp i North West Counties League.