Fannefjorden er en forlengelse av Moldefjorden i Molde kommune i Møre og Romsdal. Den er cirka 25 kilometer lang og er en gren av Romsdalsfjorden regnet som hele fjordsystemet innenfor Dryna,[1][2] i det denne passerer Årø og Bolsøya. Den går østover avgrenset av stranda mellom Molde og Kleive via Røbekk og Hjelset i nord, og Skålahalvøya og Bolsøya.[3]
Fjorden er forholdsvis smal, og krysses av Fannefjordstunnelen mellom Årø og Bolsøya. Inntil Fannefjordstunnelen åpnet i 1991 gikk det bilferge i sambandet Lønset–Grønnes.