Da krigen startet regjerte Erik XIV i Sverige og Danmark-Norges regent var Frederik II. Det hadde tidligere vært meglet mellom landene av blant andre den danske enkedronningen, hertugen av Pommern, det franske sendebudet i Danmark Charles Dançay og de tysk-romerske keiserne Ferdinand I og senere Maximilian II.
Et senere forsøk på å få til en fredsavtale ble gjort av den svenske hertug Johan (senere Johan III) i 1568 samtidig med opprøret mot Erik. Det ble undertegnet en fredsavtale mellom de stridende partene, men den ble senere forkastet av svenskene på grunn av harde vilkår.
I juli 1570 lykkedes det Maximilian II å samle sammen til en fredskongress i Stettin. Delegasjonene fra Sverige og Danmark-Norge besto hver av fire forhandlere, i tillegg hadde Bremen og Lübeck sine delegater til stede. Hovedmegleren var Charles Dançay, ellers kom meglerne fra den tysk-romerske keiseren, kurfyrsten av Sachsen, kongen av Frankrike samt Polen.
Sverige skal returnere de åtte erobrede skipene «Jegeren», «Herkules», «Løven», «David», «Hektor», «Hjorten», «Morian» og «Bjørnen» til Danmark.
Danmark skal returnere ett erobret skip til Sverige.
Sverige skal betale en løsesum på 150.000 daler for Älvsborg festning. Halvparten skal betales i juni 1571, noen uker etter tilbakegivelsen av festningen. Resten skal betales i to poster, i løpet av to år fra den første betalingen.
Begge kongene skal inntil videre kunne bruke riksvåpenet Tre Kronor.
Partene skal selv forsøke å løse konflikten om riksvåpenet innen 1. januar 1572.
Hvis riksvåpenspørsmålet ikke er løst innen denne datoen, skal saken dømmes av en domstol ved Rostocks magistrat og universitet.
De svenske besittelsene i Estland blir len under den tyske keiseren. Hvis den tyske keiseren vil ta tilbake disse lenene fra Sverige, skal keiseren betale erstatning for Sveriges kostnader.
Narva-handelen skal være fri for såvel dansker som lübeckere, til gjengjeld skal svenske skip få passere Øresund uten å betale toll.
Lübeckerne skal motta 75 000 daler og få tilbake sine privilegier i Sverige, men uten enerett på handelen.
I Norge ble fredsvilkårene mottatt fra Danmark på denne måten:
(Kilde: bergenspresten Absalon Pedersson Beyers (1528–1575) dagbok 1552–1572):
Alle krav som svenskene hadde til Jemtland skulle avslås
Svenskene skulle gi danskekongen åtte store orlogskip med krutt, lodd og alt tilbehør og levere så mange skip som svenskene brente opp for Per Huitfelt.
Svenskene skulle gi danskekongen to tønner gull for skade.
Svenskekongen skulle avstå med alt det gods i Livland som Danmarks krone hadde overgitt hertug Maans, og ikke sette seg imot dette.
Svenskene skulle avstå alle krav om Norge, Skåne, Halland, Blegend og Gotland til evig tid.
Svenskene skulle ikke understå seg å bruke og føre det Norske og danske våpen, men så vidt som de tre kroner angikk skulle begge kongene kunne bruke dem til det falt dom i Kammerretten.
Älvsborg skulle overgis svenskene igjen når danskekongen hadde fått den siste sum nevnt i fredsvilkårene.
Frederik II godkjente fredsavtalen 25. januar1571. Sveriges isolerte stilling og faren for at Russland skulle bli innblandet i krigen, fikk også svenskene til å godta de harde vilkårene. Egentlig var det ingen vinner av denne krigen, begge landene ble tapere i den forstand at de ble mye fattigere. Vilkårene om at den tyske keiseren skulle overta svenske besittelser i Estland ble ikke fulgt, og lübeckerne mottok aldri den avtalte pengesummen.