Funksjonell utryddelse er utryddelse av en art eller andre taxon slik at:
I plantebestander kan mekanismer for selvinkompatibilitet føre til at nærstående planter er uforenlige, som igjen kan føre til funksjonell utryddelse dersom en hel populasjon blir egeninkompatible. Dette skjer ikke i større bestander.
I polygene bestander, der kun noen få hanner får avkom, er det en mye mindre reproduserende bestand enn om alle aktuelle hanner er involvert. De vellykkede hannene fungerer som en genetisk flaskehals, som igjen fører til raskere genetisk drift, eller også problemer med innavl hvis populasjonen er liten.