Héctor Aguer studerte filosofi og humaniora ved presteseminaret i Buenos Aires (1964-1968), hebraisk ved Institutt for bibelstudier ved Instituto de Cultura Religiosa Superior (1965-1967) og teologi ved Det pavelige katolske universitet i Argentina - Pontificia Universidad Católica Argentina (1968-1972).
Den 25. november 1972 ble han ordinert til prest for erkebispedømmet Buenos Aires. Etter pastoralt arbeid var han professor i moralteologi ved Det pavelige katolske universitet i Argentina fra 1979 til 1992.
Den 26. juni 1998 ble han utnevnt til koadjutorerkebiskop av La Plata. Med Carlos Walter Galán Barrys fratreden den 12. juni 2000, etterfulgte han ham som erkebiskop av La Plata.
I 2010 ble erkebiskop Aguer nevnt som en mulig etterfølger etter kardinal Jorge Bergoglio som president for den argentinske bispekonferansen(CEA) i 2011, selv om andre avfeide slike muligheter fordi Aguer var en som ble motarbeidet i konferansen.3 Til slutt, Aguer var han valgt til president for den bispelige kommisjonen for katolsk utdanning, mens erkebiskop José María Arancedo ble utnevnt til president for den argentinske bispekonferansen for perioden 2011-2014.4
I anledning fremleggelsen av forslag til reformer av Código Civil de la República Argentina, gav Aguer uttrykk for denne kritikk:
Teksten fastslår at «den menneskelige persons eksistens begynner med unnfangelsen i kvinnens kropp eller implantasjonen i henne av embryoet dannet ved hjelp av assisterte menneskelige reproduksjonsteknikker».
Legg merke til forskjellen, uforsvarlig fra et vitenskapelig synspunkt, mellom personen som ble unnfanget i livmoren og den som begynner sin livsviktige reise i et laboratorium. Dette er bare gjenkjent som en person fra dets implantasjon i wbn kvinnes livmor. Diskrimineringen er urettferdig, fordi omstendighetene som menneskelivet oppsto i, er rent tilfeldig og endrer ikke det unnfangede levevesens natur, hvis personlige karakter er ubestridelig.
Ved å unndra seg den rettslige beskyttelse som tilsvarer et personlig levevesen, ønsker de å la veien være åpen for legalisering av nedfrysing og eventuell kassering av embryoer; dermed blir disse uskyldige og forsvarsløse menneskene overgitt til mulige forsøk på å gjøre noe mot deres liv.[3]
Han var direktør for den pavelige kommisjon for Latin-Amerika på vegne av Den hellige stol, samt medlem av den pavelige kommisjon for kirkens kulturarv og medlem av Det internasjonale katekeserådet.
Den 2. juni 2018 aksepterte pave Frans hans aldersbetingede avskjedssøknad.[4]
I 2021 erklærte han at restriksjonene i vatikandokumentet Traditionis custodias utslettet det som var oppnådd under pave Frans' forgjengere, og etablerte vilkårlige grenser og hindringer for det som da var etablert i pakt med intensjonen om en intrakirkelig økumenikk og respekt for presters og troendes frihet, og markerte et «beklagelig skritt tilbake». Videre er han ikke sikker på at alle biskoper kan garantere sjenerøs autorisasjon av bruken av de liturgiske bøker som var i kraft i 1962, idet mange biskoper ikke er «Traditionis custodes» (tradisjonsvoktere), men «men 'traditionis ignari' (ignorante), 'obliviosi' (glemske), og til og med 'traditionis evertores' (tradisjonsødeleggende)».[5]
Erkebiskop Héctor Rubén Aguer var del av stor internasjonal gruppe katolske kardinaler og biskoper fra hele verden i et åpent brev datert 2. august 2024 krevde at Den internasjonale olympiske komité (IOC) å «avvise» og «be om unnskyldning» for «den forsettlige hatefulle hån» av Jesu siste nattverd under åpningsseremonien til OL i Paris 2024.[6]
Der skrev de blant annet: «Med sjokk så verden på når sommer-OL i Paris åpnet med en grotesk og blasfemisk skildring av nattverden. Det er vanskelig å forstå hvordan troen til over 2 milliarder folk kan bli ... spottet. Vi, katolske biskoper fra hele verden, på vegne av kristne overalt, krever at Den olympiske komité avviser denne blasfemiske handling og ber alle troende om unnskyldning. Samtidig som det er vanskelig å tro at en slik forsettlig hatefull hån mot noen annen religion ville blitt vist på verdensscenen, truer denne foraktelige handlingen likevel mennesker av alle trosretninger eller de av ingen tro, idet det åpner døren for de med makt som gjør hva de vil mot folk de ikke liker. ...Nattverden var måltidet som Jesus fra Nasaret delte med sine nærmeste venner om natten før han døde for dem og for oss. Vi ber om at de som søker å skade andre med sin makt, og de som er skadet, vil etterligne hans selvoppofrende kjærlighet, slik at fred, anstendighet og gjensidig respekt kan gjenopprettes i verden.»
Sobre la educación católica en el momento actual. Buenos Aires, Ed. Serviam, 1998, 40 pág.
Textos y contextos. Buenos Aires, Ed. Corcel, 1999, 256 pág.
Espíritu y fuego. Lima, Vida y Espiritualidad, 2001, 253 pág.
"Infirmitas Christi". La debilidad de Cristo en el comentario agustiniano de los Salmos. Teología XV (1978), 101-146.
La interpretación agustiniana del Salterio. Estudios Teológicos y Filosóficos X (1979), 175-194.
Del amor y la amistad. Teología XVII (1980), 28-42.
La conservación de la fe: ortodoxia y martirio. En el volumen colectivo "La conservación del patrimonio material y espiritual de la Nación". Buenos Aires, OIKOS, 1982, pág. 279-292.
Fundamentos sapienciales de la ecología. Sapientia XXXVIII (1983), 139-146.
Oikos y téjne en la perspectiva clásica y cristiana. En "Tecnología alternativa y medio ambiente". Buenos Aires, OIKOS, 1983, pág. 137-148.
La verdad del alma. Una lectura de la cuestión 10 "De Veritate". Teología XXI (1984), 101-115.
Razón y pecado. Tres cuestiones sobre el conocimiento moral. Teología XXIII (1986), 37-54.
"Sólo Dios se entraña en el espíritu". Uso tomista de un teologúmeno. Teología XXVII (1990), 19-31.
La rispota del uomo di oggi al problema del dolore. En el volumen colectivo "Croce e nuova evangelizzazione". Roma, Edizioni CVS, 1994, pág. 41-52.
Parresía de la fe, audacia de la razón. Revista Eclesiástica Platense CII (1999), 305-316.
Los documentos del Concilio Plenario de América Latina. Análisis teológico, jurídico y pastoral. En "Los últimos cien años de la evangelización en América Latina". Ciudad del Vaticano, Libreria Editrice Vaticana, 2000, pág. 235-254.
El fenómeno de la globalización. Orientaciones para un discernimiento pastoral. Revista Eclesiástica Platense CIV (2001), 331-336.
El Santo Sacrificio de la Misa. Revista Eclesiástica Platense CIV (2001), 729-736.
Lo sagrado y su ámbito. Revista Eclesiástica Platense CV (2002), 61-69.
Artículos publicados en "Revista Criterio", "Gladius", "La Prensa", "La Nación" y en otras revistas y periódicos.
Hans liv og virke er skuldret i boken «El último cruzado. Monseñor Aguer. Intimidades e intrigas de la Iglesia argentina» (Editorial Planeta ISBN 978-950-49-6289-2) skrevet av jourtnalistene Pablo Morosi og Andres Lavaselli og publisert i 2018.
^El texto establece "la existencia de la persona humana comienza con la concepción en el cuerpo de la mujer o la implantación en ella del embrión formado mediante técnicas de reproducción humana asistida". Nótese la diferencia, injustificable desde el punto de vista científico, entre la persona concebida en el seno materno y aquella que inicia su trayecto vital en un laboratorio; ésta solo es reconocida como persona a partir de su implantación en el útero de una mujer. La discriminación es injusta, porque la circunstancia en que se ha originado esa vida humana es puramente accidental y no cambia la naturaleza del ser concebido, cuyo carácter personal es innegable. Al eludir la tutela jurídica que corresponde a un ser personal, se quiere dejar abierto el camino a la legalización del congelamiento y el eventual descarte de embriones; se abandona así a esos seres humanos inocentes e indefensos a la posible comisión de cualquier atentado contra su vida. [1]El nuevo Código Civil, Héctor Aguer, i Diario El Día (Opinión), 17. mai de 2012, lest 7. september 2012