I 1646 ble Thomasius Assessor ved det filosofiske fakultet, og etterhvert holdt han flere professorater ved Universitetet i Leipzig: i moralfilosofi fra 1653, i dialektikk fra 1656 og i retorikk fra 1659. Gjennom karrieren var han rektor ved Nikolaischule, Thomasschule og universitetet, alle i Leipzig.
Han bidro til nyorienteringen i den filosofiske disiplinen på 1600-tallet, eksempelvis hevdet han at fra et teologisk ståsted var det nødvendig at filosofien sto som garantist for et klart skille mellom skaper og skaperverk, eller mellom Gud og natur.[6]
Jakob Thomasius publiserte blant annet skrifter om filosofiens historie, kirkehistorie og klassisk litteratur. I skriftene sine tok han opp vidt forskjellige emner, han skrev like gjerne om plagiering, om kvinners rett til utdanning, og om muldvarper[7].
Erotemata Rhetorica pro incipientibus. Accessit pro adultis consilium de locis communibus eloquentiae studioso comparandis, Leipzig 1670.
Orationes, partim ex umbone templi academici, partim ex auditorii philosophici recitatae, argumenti varii, Leipzig 1683. (digitalisering)
Physica perpetuo Dialogo, suis tamen capitibus interciso, sic adornata, ut Scientia naturalis non tantum definiendo ac dividendo, sed etiam celebrioribus attingendis controversus, idq: plana methodo nec difficili, explicetur, Leipzig 1692.
Acta Nicolaitana et Thomana. Aufzeichnungen von Jakob Thomasius während seines Rektorates an der Nikolai- und Thomasschule zu Leipzig (1670–1664). Herausgegeben von Richard Sachse. J. Woerners Verlag, Leipzig 1912.
Leibnitz-Thomasius. Correspondance 1663–1672. Bearbeidet av Richard Bodéüs, Librairie philosophique J. Vrin, Paris 1993, ISBN 978-2-7116-1145-4.
Gesammelte Schriften (7 bind), redigert av Walter Sparn, Hildesheim, Georg Olms, 2003–2009, (Leipzig 1676–1693, opptrykk).
^M. Mulsow, "Practices of Unmasking"Arkivert 26. juni 2007 hos Wayback Machine., s.5: According to Thomasius’ “Schediasma historicum” of 1665, from a theological point of view, philosophy needed to guarantee a clear separation of Creator from Creation, of God from Nature. It should thus only spring from Christian Aristotelianism, not from Stoicism or Neoplatonism.
^Jakob Thomasius: M(agister)Jacob Thomasii, Curiöser Tractat genannt Das wieder gefundene Gesicht der sonst blinden Maulwürffe. Aus dem Lateinischen ins Deutsche übers. v. M(agister Johann Gottlieb) M(eister). Dresden und Leipzig, Johann Christoph Miethe, 1702. (31 s. 16 x 9,5 cm).