Sailer var sønn av en fattig skomaker i Aresing.[trenger referanse] Han gikk på hjemstedets folkeskole til han var ti, og deretter på gymnasium i München.
I 1770 ble kan novise i jesuittordenen. Ordenen ble oppløst av paven i 1773, og Sailer fortsatte sine teologiske og filosofiske studier i Ingolstadt. I 1775 ble han presteviet; årene 1777-80 underviste han selv i filosofi og teologi, og fra 1780 var han annenprofessor i dogmatikk ved universitetet i Ingolstadt.
Likesom mange andre mistet han sin stilling i 1781 da elektoren Karl Theodor overførte den teologiske instruksjonsmyndighet til klostrene.
Årene 1781-84 ble han, mens han beskjeftiget seg med litterær virksomhet, lagt merke til av elektoren og biskopen Clemens Wenceslaus, som i 1794 kalte Sailer til Dillingen som professor for pastoralteologi og etikk. Fader Sailer innehadde dette vervet i ti år og ble viden kjent for sin innsats og kunnskap.[trenger referanse] Hans motstandere, professorer i Dillingen, og Rossle som var rektor ved skolen i Pfaffenhausen, lyktes i å begrense Sailers virke i 1793 og fikk ham brått avskjediget i 1794.[trenger referanse]
Fader Sailer dro så til sin venn Winkelhofer i München, men ble også der utsatt for sine motstandere og dro så til sin venn Beck i Ebersberg. Her hengav seg han seg til det litterære til han i 1799 ble kalt til et professorat i Ingolstadt. I 1800 ble han med hele universitetet flyttet til Landshut hvor han undserviste i pastoralteologi, moralteologi, pedagogikk, homiletikk, liturgi og katekese.
Han ble berømt som foreleser og forfatter, og ble stadig kalt til nye oppgaver.[trenger referanse] Han var på vennskapelig fot med ledende katolikker og protestanter, og ble holdt i ære av sine elever, blant dem kronprins Luswid som senere ble konge av Bayern.[trenger referanse]
I 1818 avslo Sailer den prøyssiske regjerings tilbud om å få ham nominert til erkebispestolen i Köln. I 1819 nominerte den bayerske regjering ham til biskop av Augsburg, men nominasjonen ble ikke godtatt i Roma. Men i 1821 ble han kannik ved domkapittelet i Regensburg, i 1822 hjelpebiskop der og koadjutor-biskop med etterfølgelsesrett, i 1825 domprost, og i 1829 biskop av Regenburg.
På Sailers tid var mange innen kirken preget av en radikal såkalt opplysningsånd, som i sine ytterliggående former avviste fundamentale kristne trossetninger, var opptatt av ytterligheter og foraktet kristen mystikk, førte til en viss verdslighet innen presteskapet og et forfall innen forkynnelsen fra prekestolen, en slsppere kirkelig disiplin, avvisning av pavens juristiksjon, og statlige forsøk på å få innflytelse og kontroll over kirkestyret og den kristne undervisning.[trenger referanse]
Mot disse tendensene engasjerte biskop Sailer seg med trosforsvar og undervisning i kristendsommens fundamentale prinsipper, en streben mot et inderlig og praktisert kristenliv, for en tro som skulle manifestere seg i barmhjertighet, gudshengivenhet (kristen mystikk), og utdannelsen av et fromt og intelligent presteskap.[trenger referanse] Han insisterte på at prekestolen bare skulle benyttes for forkynnelsen av evangeliet og ikke til sekulære funderinger, at biskopene skulle pleie enheten med paven, og kirkens frihet og rettigheter vernes mot uthoiling fra statlig hold.[trenger referanse]
Biskop Sailer var iherdig og ganske effektiv som lærer, sjelesørger, prest og predikant, og hadde et stort og bredt forfatterskap.[trenger referanse]
Theologiae Christianae cum Philosophia nexus, Augsburg 1779
Vollständiges Lese- und Betbuch zum Gebrauch der Katholiken, München, Ingolstadt 1783
Vollständiges Gebetbuch für Katholische Christen, München 1785
Ueber den Selbstmord. Für Menschen, die nicht fühlen den Werth, ein Mensch zu sein, München 1785; (Images in der BSB)
Vernunftlehre für Menschen, wie sie sind. Nach den Bedürfnissen unserer Zeit, 2 Bde. München 1785
Glückseligkeitslehre aus Vernunftgründen, mit Rücksicht auf das Christentum, München 1787
Vorlesungen aus der Pastoraltheologie, 3 Bde., München 1788–1789
Kurzgefasste Erinnerungen an junge Prediger, München: 1791
Für Kranke und ihre Freunde, München 1791
Das Buch von der Nachfolge Christi. Neu übersetzt und mit einer Einleitung und kurzen Anmerkungen für nachdenkende Christen, München 1794
Briefe aus allen Jahrhunderten der christlichen Zeitrechnung. Gewählt, übersetzt und zur Erbauung und Belehrung seiner Mitchristen herausgegeben 6 Bde. München 1800–1804
Grundlehren der Religion, München 1805
Über Erziehung für Erzieher, München 1807
Kleine Bibel für Kranke und Sterbende und ihre Freunde, München 1810
Vorlesungen aus der Pastoraltheologie. I: Anton Zott], Werner Schneider (Hrsg.): Wege der Pastoraltheologie. Texte einer Bewußtwerdung. Band I. Das 18. Jahrhundert: Grundlegung und Entfaltung (F. St. Rautenstrauch – F. Ch. Pittroff – J. M. Sailer). Franz-Sales-Verlag, Eichstätt 1987, ISBN 3-7721-0095-3, S. 117–167 (wesentliche Passagen aus: 1. Grundfragen der Pastoraltheologie, 2. Praktisches Schriftforschen als Grundlage und Vorbereitung pastoraler Tätigkeit, 3. Der Seelsorger in seinen Funktion als Lehrer, Hirte und Priester).
Das Buch von der Nachfolge Christi: ausgewählte Verse; mit Abbildungen aus illuminierten Handschriften der British Library des Thomas von Kempen. Nach der Übers. von Johann Michael Sailer. Steinkopf, Kiel 2004, ISBN 3-7984-0773-8
Die Weisheit auf der Gasse, oder Sinn und Geist deutscher Sprichwörter. Ein Lehrbuch für uns Deutsche, mit unter auch eine Ruhebank für Gelehrte, die von ihren Forschungen ausruhen möchten. 1810. Neu hrsg. Greno, Nördlingen 1987, ISBN 3-89190-801-6.
Remigius Stölzle, Johann Michael Sailer. Seine Maßregelung an der Akademie zu Dillingen und seine Berufung nach Ingolstadt, Kösel/Kempten/München 1910
Berthold Lang, Bischof Sailer und seine Zeitgenossen, Mainz/München 1932
Willibrord Schlags, Johann Michael Sailer, „der Heilige der Zeitenwende“: nach seinen Bekenntnissen und Schriften dargestellt, Bonn 1934
Gerard Fischer, Johann Michael Sailer und Johann Heinrich Pestalozzi, Freiburg/Basel/Wien, 1954
Friedrich Wilhelm Kantzenbach, Johann Michael Sailer und der ökumenische Gedanke (= Einzelarbeiten aus der Kirchengeschichte Bayerns, Band 29) 1955
Paul Schattenmann, Johann Michael Sailer und sein Freundeskreis im Ries, in: Zeitschrift für Bayerische Kirchengeschichte, Jg. 27 (1958), S. 66–74
Heinz Schuster, Die Geschichte der Pastoraltheologie, in: Franz Xaver Arnold u.a. (Hrsg.), Handbuch der Pastoraltheologie, Band 1, Freiburg/Basel/Wien 1964, S. 54ff.
Franz Xaver Arnold, Pastoraltheologische Durchblicke. Das Prinzip des Gott-Menschlichen und der geschichtliche Weg der Pastoraltheologie, Freiburg, Basel, Wien 1965
Johann Hofmeier, Seelsorge und Seelsorger. Eine Untersuchung zur Pastoraltheologie Johann Michael Sailers, Regensburg 1967
Barbara Jendrosch, Johann Michael Sailers Lehre vom Gewissen (= Studien zur Geschichte der katholischen Moraltheologie, Band 19), Regensburg 1971, zugleich Diss., München 1968, ISBN 3-7917-0320-X
Werner Schneider, Johann Michael Sailers biblische Grundlegung der Pastoraltheologie, in: Anton Zottl und Werner Schneider (Hrsg.), Wege der Pastoraltheologie. Texte einer Bewußtwerdung. Das 18. Jahrhundert: Grundlegung und Entfaltung (F. St. Rautenstrauch – F. Ch. Pittroff – J. M. Sailer), Band 1, Eichstätt 1987, ISBN 3-7721-0095-3, S. 105–114
Georg Schwaiger (Hrsg.), Johann Michael Sailer und seine Zeit, Verlag des Vereins für Regensburger Bistumsgeschichte, Regensburg 1982
Georg Schwaiger, Johann Michael Sailer, der bayerische Kirchenvater, Schnell & Steiner, München 1982, ISBN 3-7954-0108-9
Werner Vitzthum, Johann Michael Sailer 1751–1832. Von Aresing nach Regensburg Gemeindeverwaltung, Aresing 1982
Barbara Wachinger, Die Moraltheologie Johann Michael Sailers, in: Georg Schwaiger und Paul Mai (Hrsg.), Johann Michael Sailer und seine Zeit (= Beiträge zur Geschichte des Bistums Regensburg, Band 16), 1982, S. 257–275
Gisbert Kranz, Johann Michael Sailer, Regensburg 1982, ISBN 3-7917-0748-5
Hans Bungert (Hrsg.), Johann Michael Sailer. Theologe, Pädagoge und Bischof zwischen Aufklärung und Romantik, Universitäts-Verlag, Regensburg 1983, ISBN 3-921114-57-8
Theoderich Kampmann, Ein exemplarischer Priester. Johann Michael Sailer, Paderborn 1984, ISBN 3-506-79260-1
Alexander Loichinger, Sailer und Diepenbrock, i: Münchener Theologische Zeitschrift, Jg. 41 (1990), S. 383–388
Volker Ladenthin, Wenn Unterricht und Erziehung zur Sprache kommen. Beispiele „Sprachkritischer Didaktik“ bei Ch. Thomasius und J. M. Sailer, in: Vierteljahrsschrift für wissenschaftliche Pädagogik, Jg. 70 (1994), S. 303–321
Werner Chrobak u. a., Johann Michael von Sailer. Pädagoge – Theologe – Bischof von Regensburg, Schnell und Steiner, Regensburg 2001, ISBN 3-7954-1447-4
Alexander Loichinger, Sailer, Diepenbrock, Christian und Clemens Brentano, in: Münchener Theologische Zeitschrift, Jg. 52 (2001), S. 304–322
Monique Bouic, Johann Michael Sailer (1751–1832), sa vie et son oeuvre depuis 1794, 3 Bände (thèse de doctorat, Réf ANRT: 54734, Identifiant BU: 07BOR30061), Bordeaux 2007
Karl Eschweiler, Die katholische Theologie im Zeitalter des deutschen Idealismus. Die Bonner theologischen Qualifikationsschriften von 1921/22. Aus dem Nachlaß herausgegeben und mit einer Einleitung versehen von Thomas Marschier, Monsenstein und Vannerdat, Münster 2010, ISBN 978-3-86991-180-9 (darin S. 131–270: Die Erlebnistheologie Johann Michael Sailers als Grundlegung des theologischen Fideismus in der vorvatikanischen Theologie)
Manfred Heim: Johann Michael von Sailer, in: Katharina Weigand (Hrsg.), Große Gestalten der bayerischen Geschichte, Herbert Utz Verlag, München 2011, ISBN 978-3-8316-0949-9
Tobias Appl/Bernhard Lübbers (Hg.) (2014). Die Briefe Johann Michael von Sailers an Eduard von Schenk. Mit einem Anhang der Briefe Melchior Diepenbrocks an Schenk (= Beiträge zur Geschichte des Bistums Regensburg, Beiband 23), Regensburg: Verl. des Vereins für Regensburger Bistumsgeschichte. s. LXXVI, 272.
Tobias Appl/ Bernhard Lübbers: Schloss Barbing als Sommerresidenz Johann Michael von Sailers (1751–1832) (Regensburger kleine Beiträge zur Heimatforschung 3) Kollersried 2015 (online, PDF-Datei]
John Paul Ito, Johann Michael Sailer und Beethoven, in: Bonner Beethoven-Studien, Band 11 (2014), S. 83–92
Hubert Wolf (Hrsg.), Sailer Johann Michael. Das postume Inquisitionsverfahren. Texte der Gutachten in lateinischer Sprache, Paderborn 2002, ISBN 978-3506776716, ISBN 350-6776711.