I 1892 ble de Boisdeffre divisjongeneral og i 1894 sjef for generalstaben. Han motsatte seg i 1897 revisjonen av Dreyfus-rettergangen og fikk, etter at oberst Hubert-Joseph Henry var blitt avslørt som bedrager, fratre sin stilling. Han fikk avskjed i 1904.
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