Seychellenes historie i de skriftlige kildene går i hovedsak tilbake til 1500-tallet da portugisiske Vasco da Gama i 1502 utforsket øyene som ligger øst for det afrikanske fastlandet i Det indiske hav, nord for Madagaskar. Øyene ble annektert og beslaglagt av Frankrike på 1700-tallet, og i 1768 slo franske plantasjeeiere seg ned på øygruppen. Afrikanske slaver ble ført til øyene og den karakteristiske kreolspråket Seychellois Creole ble utviklet. Storbritannia overtok besittelse av øyene tidlig på 1800-tallet. Seychellene ble en selvstendig republikk i 1976 etter to hundre år med europeisk kolonistyre. Et sosialistisk ettpartistyre hersket over landet fra 1977 og fram til 1993. Det ble utført demokratiske valg dette året og som ble vunnet av det samme sosialistiske partiet.
Seychellenes tidlige historie er bortimot ukjent. Malayer, et folkeslag fra Malayahalvøya og Borneo i Sørøst-Asia, innvandret og bosatte seg på øyene, og til sist også Madagaskar, en gang mellom 300 og 200 f.Kr. Arabiske sjømenn og handelsmenn seilte over Indiahavet og var antagelig kjent med øyene, skjønt de bosatte seg ikke der. Et manuskript som er datert år 851 e.Kr., skrevet av en arabisk handelsmann, viser til Maldivene og «de høyere øyene», muligens Seychellene.
Arabere handlet den meget verdsatte Coco de Mer, en kokosfrukt, som er funnet utelukkende på Seychellene, lenge før europeerne oppdaget øyene.
I 1502 oppdaget Vasco da Gama øyene da han krysset havet fra India til østlige Afrika. Det ble da kjent som Amirantes, «Admiralens Øyer». Granittøyene begynte å bli nedtegnet på portugisiske diagrammer som «De syv søstre».
I mars 1608 seilte en handelsflåte fra Det britiske ostindiske kompani på veg til India. En storm førte til at mannskapet på skipet Ascension oppdaget «høyt land» den 19. januar 1609. De ankret opp i «som i en dam». De fant ei øy som ikke var befolket, men med rikt med ferskvann, fisk, kokosnøtter, fugler, skilpadder, kjempeskilpadder som etterfylte skipets forsyninger med. Ascension seilte videre, rapporter om sitt funn, men britene tok ingen grep for det nye landet.
Mot slutten av 1600-tallet kom pirater fra Karibia til Indiahavet og opprettet base på Madagaskar og på Seychellene, og derfra overfalt handelsskip som kom og forlot Rødehavet og Persiabukten.
Franskmennene hadde okkupert Ile de France (omdøpt til Mauritius av britene i 1810) siden 1710. Denne kolonien vokste i betydning, og i 1735 ble en energisk administrator utnevnt, Bertrand-François Mahé de La Bourdonnais (1699–1723). Hans oppgave var å beskytte den franske sjøruten til India. La Bourdonnais, selv en sjømann, vendte oppmerksomheten mot en raskere passasje fra Mauritius til India. Med denne hensikten sendte han i 1742 en ekspedisjon under kommando av Lazare Picault for å mer nøyaktige kartlegge øyene nordøst for Madagaskar.
Den 21. november 1742 ankret skipene Elisabeth og Charles opp ved Mahé ved Anse Boileau (men ikke ved Baie Lazare som senere feilaktig ble oppgitt). De fant et rikt land, noe som fikk Picault til å navngi landet øya for Ile d'Abondonce. Picaults kartlegging var dårlig, så dårlig at han i 1744 ble sendt tilbake, og da navnga han hovedøya til Mahé (i ære av sin beskytter Mahé de La Bourdonnais), og hele øygruppa for Iles de la Bourdonnais. Han hadde store forhåpninger for Iles de la Bourdonnais, men øyene ble igjen glemt da La Bourdonnais ble erstattet i 1746.