Snakehead er bok nr.7 i Alex Rider-serien. I Snakehead finner Alex veien til underverdenen i Bangkok, hvor han arbeider sammen med Ash, som jobber for en australsk etterretningsorganisasjon, som er den eneste i denne bransjen han endelig kan stole på. Han ser den virkelige siden av dette yrket og tar en siste beslutning om han skal være med eller ikke.
Historien starter der bok nummer 6 i serien slutter. Alex Rider, som er hovedpersonen, lander i stillehavet etter å ha vært i verdensrommet. Han blir plukket opp av en amerikansk hangarskip hvor han kommer seg etter å ha vært i verdensrommet. Etter dette kommer han i land i Australia. Meningen er at han skal dra rett hjem til England og gå på skole, men mangler visum, og må oppholde seg i en militærleir i mellomtiden.
Samtidig blir den kriminelle organisasjonen Scorpia hyret for å ta livet av åtte kjendiser som befinner seg på Reef Island nordøst for Australia. De skal holde en konferanse om å avskaffe fattigdom i verden. Dødsfallene må se ut som en naturkatastrofe for å ikke vekke mistanke. En av medlemmene fra Scorpia ved navn Winston Yu får ansvaret for oppdraget. Han er lederen for en asiatisk kriminell bande kalt Snakehead som smugler varer og mennesker til rikere land. Scorpias agenter bryter seg inn i et forskningslaboratorium og stjeler en prototybe av en bombe kalt "Royal Blue". Som skal smugles til Reef Island og brukes til å ta livet av kjendisene. Bomba skal detoneres i havet, og forårsake en tsunami som skal ramme hele øya.
Ethan Brooke, lederen for den australske etterretningsetaten overtaleren Alex til å hjelpe dem med å skaffe opplysninger om Snakehead. Han blir satt på oppdraget sammen med Ash, som var gudfaren og en av farens beste venner.
De drar til Bangkok i India og Ash forklarer planen: han og Alex skal forkle seg som Afghanere og betale Snakehead for å smugle dem inn i Australia. På denne måten kan de identifisere og finne ut informasjon om medlemmer i Snakehead og hvordan de smugler menneskene. De blir forkledd og sent til Chinatown i Bangkok.
Alex blir tatt med til en ulovlig boksearena i en av basene til Snakehead, hvor han må slåss mot snakeheads sin sterkeste utøver i kampsporten Muay Thai. Han vinner ved å spytte vann i ansiktet på han for så å angripe mens han er distrahert. Den uventede seieren gjør at det bryter opp et opprør blant tilskuerne, men han klarer å rømme.
Dagen etter legger han merke til en mann som forfølger han i gatene. Han fanger Alex, men mannen viser seg å være en mann ved navn Ben Daniels, en MI6 agent som han har trent med tidligere. Alex får vite om Royal Blue og at Major Yu er medlem av Scorpia. Han går med på å finne Royal Blue for MI6 og får en rekke hjelpemidler. En klokke med GPS så MI6 kan finne han, tre eksplosive Indiske mynter, og et belte med skjult overlevelsesutstyr.
Alex og Ash blir smuglet videre på ruten, til neste stopp som er Indonesia. Snakehead kommer i et opprør med de Indonesiske spesialstyrkene, men Alex og Ash kommer seg videre og om bord i et containerskip. De blir plassert i hver sin container. Mens de er på åpent hav bruker Alex en av myntene til å komme seg ut og utforsker skipet. Han finner Royal Blue, og ser Major Yu skanner inn fingeravtrykket sitt på bomba. Så bare han har kontroll over den. Så snart han er ute av syne, skanner Alex sitt eget avtrykk og rømmer fra skipet ved å bruke enda en mynt. Senere blir Ash tatt til fange, og Alex må overgi seg.
Han blir slått bevisstløs og bortført av Yu. Alex blir sendt til et sykehus i den Australske reinskogen hvor han skal bli ufrivillig brukt til ulovlige organdonasjoner. Han rømmer ved å bruke sin siste eksplosive mynt. Etter å ha rodd ned elva i kajakk kontakter han MI6 ved å bruke GPS-klokka. Han blir hentet og sendt av gårde, men en rekke andre agenter, inkludert Ben Daniels til Oljeriggen der Royal Blue skal detoneres.
Alex og Ben konfronterer Yu og medhjelperen hans. Ben skyter medhjelperen, som viser seg å være Ash. Han var dobbeltagent for Scorpia og hadde som oppdrag å drepe en narkolanger. Yu klatrer gjennom en luke og rømmer med båt. Bomba er umulig å desarmere, og Alex må detonere den før den er på plass under havbunnen. Siden bomba ikke var på plass, ble eksplosjonen liten, men sjokkbølgene var nok til å drepte Yu.