Ndoj speelde in de jeugd van Padova en AS Roma. Medio 2016 maakte de middenvelder de overstap naar Brescia, waar hij op 27 augustus 2016 zijn professionele debuut maakte. Op die dag werd met 1–1 gelijkgespeeld tegen Avellino. Namens Brescia scoorde Andrea Caracciolo en de gelijkmaker was van Luigi Castaldo. Van coach Cristian Brocchi moest Ndoj op de reservebank beginnen en hij mocht na negenenvijftig minuten invallen voor Leonardo Morosini.[1] De middenvelder maakte op 1 mei 2018 zijn eerste professionele doelpunt, toen hij in de Serie B na tien minuten op aangeven van Caracciolo de score opende tegen Frosinone. Door doelpunten van Mirko Gori en Camillo Ciano wonnen de bezoekers alsnog met 1–2.[2] In de zomer van 2018 verlengde de Albanees zijn contract bij Brescia tot medio 2022.[3] In januari 2022 werd Ndoj voor een half seizoen verhuurd aan Cosenza.[4] In januari 2024 werd het contract van Ndoj bij Brescia verscheurd.[5] Een maand later tekende hij voor het restant van het seizoen bij Catania.[6] Het seizoen erop ging Ndoj voor Latina spelen.[7]
Ndoj maakte zijn debuut in het Albanees voetbalelftal op 29 mei 2018, toen met 0–3 verloren werd van Kosovo door twee doelpunten van Arbër Zeneli en een van Edon Zhegrova. De middenvelder mocht van bondscoach Christian Panucci in de basis beginnen en hij werd na negenenzestig minuten gewisseld ten faveure van mededebutant Kristal Abazaj (Luftëtari). De andere debutant was Sindrit Guri (Kukësi).[9] Tijdens zijn tweede interland kwam Ndoj voor het eerst tot scoren. Op 3 juni 2018 werd gespeeld tegen Oekraïne en met 1–4 verloren. Jevhen Konopljanka en Andrij Jarmolenko scoorden beiden tweemaal namens de bezoekers. Tussendoor wist Ndoj voor het enige Albanese doelpunt te tekenen.[10]
Italië
Albanië
89'
Schotland – Albanië 
IJsland – Albanië 