Hoewel het werk van Partenheimer binnen de traditie van het post minimalisme of de conceptuele abstracte kunst geplaatst kan worden, heeft het er een heel eigen plaats verworven. Dwars tegen alle hedendaagse kunstontwikkelingen in heeft zijn ‘metafysisch abstracte’ kunst zich ontwikkeld tot een onmiskenbaar persoonlijk universum, waarin tekeningen, schilderijen, sculpturen en kunstenaarsboeken hun plaats vinden.
In 1986 was hij te gast in het Museum van Hedendaagse Kunst in Gent voor de tentoonstelling 'Signaturen', in 2002 volgde in S.M.A.K. 'La Robe des choses' waarin hij de presentatie van zijn werk aan een nieuw onderzoek onderwierp. Sculpturen zoals zijn Weltachse werden er in nieuwe assemblages of gedemonteerd getoond, tekeningen en schilderijen in nieuwe reeksen of confrontaties samengebracht. Later volgden nog tentoonstellingen in de Pinacoteca del Estado de São Paulo, Museum Ostwall, Dortmund en de Staatliche Kunsthalle Karlsruhe.
Hij ontving de Orde van Verdienste van de Bondsrepubliek Duitsland, de enige orde van verdienste van Duitsland. Hij was eregast aan de Duitse Academie-Villa Massimo in Rome, Italië. Hij was kunstenaar in residentie in de Copan Building (Oscar Niemeyer), São Paulo, Brazilië, in het Nietzsche-Haus in Sils-Maria, Zwitserland, in de Nirox Foundation, Zuid-Afrika.
De “Copan-Tekeningen” en het “São Paulo Dagboek” werden tentoongesteld in de Villa Massimo te Rome en in de Pinacoteca Do Estado in São Paulo, Brazilië. Op uitnodiging van het Haus der Kunst, München ging hij hetzelfde jaar in een panelgesprek met Chris Dercon dieper in op zijn ervaringen in São Paulo. In 2008 richtten de IKON Gallery in Birmingham en het Kunstmuseum Bonn een omvangrijke overzichtstentoonstelling met werk van Partenheimer in. De samenwerking met componist Kevin Volans leidde er tot The Partenheimer Project waarvan de eerste uitvoering plaatsvond in Birminghams Perrott´s Folly.
Tussen 2009 en 2011 volgden in situ tentoonstellingen in Museum Chasa Jaura, Valchava, Kunsthalle zu Kiel, Mies van der Rohe Haus, Berlin en Nirox Project Space, Johannesburg.
In 2013 volgde het project “Schaustelle” in de Pinakothek der Moderne, München en het Museum Mobile, Ingolstadt. In 2014 ontving Partenheimer de Audain Distinguished Residency Award van de Emily Carr University of Art and Design (ECUAD), Vancouver. In januari 2014 opende de tentoonstelling “Das Archiv-The Archive” in de Pinakothek der Moderne, München, later in de Deichtorhallen-Sammlung Falckenberg, Hamburg, het Gemeentemuseum Den Haag en de Contemporary Art Gallery, Vancouver.
In 2017 werd hij uitgenodigd voor een tentoonstelling in White Cube Gallery, Londen, Lichtschwarm, waarin hij schilderijen, sculpturen, unieke keramiek en werken op papier uit de periode 1975-2017 toonde. Tijdens London, Sculpture in the City, 2016 werd Jürgen Partenheimers Axis Mundi/Weltachse geïnstalleerd in Cullum Street in het hart van het Financial District van Londen.
Jürgen Partenheimer, Stedelijk Museum Amsterdam, 1997
Jürgen Partenheimer, Weltachse V, installatie Gemeentemuseum Den Haag, 1999
Jürgen Partenheimer, CGAC, Santiago de Compostella, 1999
Jürgen Partenheimer, China National Museum of Fine Art, Peking, "World Axis", Imperial Archives, Verboden Stad, Peking, 2000
Jürgen Partenheimer, La robe des choses, S.M.A.K, 2002
Jürgen Partenheimer, La caida del humo, São Paulo, 2004
Ook het kunstenaarsboek is voor Partenheimer een bewust gekozen uitdrukkingsvorm. Het boek verbindt verschillende media en is zelf een medium. De kunstenaarsboeken van Partenheimer zijn opzichzelfstaande kunstwerken in boekvorm. Zij nemen heel verschillende vormen aan; van Irrawaddy en Die Fliegende Birke waarin het boek een vrijplaats is voor ideeën en er een losse, bijna schetsmatige manier van werken gehanteerd wordt, tot meer prestigieuze boekwerken als Giant Wall, Über den Irrtum en À la rêveuse matière waarin de relatie van tekst en beeld, het samengaan met literatuur geëxploreerd wordt. Deze boeken passen binnen een traditie van een boek als Mattisse's Jazz, meestal aangeduid als 'livre d'artiste', 'livre de peintre' of 'fine-press limited edition'.
'De slapende goden | Sueños y otras mentiras', een livre de peintre met gedichten van Cees Nooteboom en lithografieën van Jürgen Partenheimer, past in deze traditie. Het is een tweetalige uitgave waarin het minimalisme van Partenheimer subliem geplaatst wordt tegenover de meer barokke poëzie van Nooteboom. Tijdens zijn verblijf aan NIROX Foundation, Johannesburg, creëerde Jürgen Partenheimer het kunstenaarsboek Seeds & Tracks and Folded Spirits, met gedichten van de Zuid-Afrikaanse dichter Lebogang Mashile. Het boek werd uitgegeven door David Krut, Johannesburg / New York.
De kunstenaarsboeken van Partenheimer werden getoond in MOMA (New York), Villa Massimo (Rome) en in SLUB Dresden (catalogus), Pinakothek der Moderne, München en Gemeentemuseum Den Haag.
Jürgen Partenheimer: Die Phantasie der Genauigkeit. Irrawaddy. Schriften. Institut für Phänomenologie, Düsseldorf, 1980
Hermann Kern: Jürgen Partenheimer. Der Weg der Nashörner. Fragmente Part II. München 1983 ISBN 3923874014
Thomas Deecke: Jürgen Partenheimer. Der Ort des Bogens, Arbeiten auf Papier. Münster 1984 ISBN 392504700X
Jürgen Partenheimer: On tradition and vision in contemporary art. University of California Press, Davis, 1985
Jürgen Partenheimer: Anti-economic positions. Provincetown, Amsterdam, 1987
Jürgen Wesseler: Jürgen Partenheimer. Das Wesen der Dinge versteckt sich gern. Art Book, Amsterdam, 1988 ISBN 9071584070
Dieter Honisch: Jürgen Partenheimer. Verwandlung-Heimkehr. Fragmente IV. Berlin. Art Book, Amsterdam, 1988 ISBN 3886092585
Werner Hofmann: Jürgen Partenheimer. Vasts apart - Bereiche des Ordnens. Hamburg, 1990
Milco Onrust, Hans Strelow: Jürgen Partenheimer. De coloribus - Versuch über die Farben. Art Book Amsterdam / Limestone Press, San Francisco, 1990 ISBN 9071584100
Gerhard Mack: Jürgen Partenheimer. Vom Zusammenhang der Dinge. Künstler - Kritisches Lexikon der Gegenwartskunst, Bruckmann Verlag, München 1992 ISSN09341730
Werner Meyer: Jürgen Partenheimer. Varia - Bilder einer Sammlung. Edition Cantz, 1992 ISBN 3893224742
Beatrice v. Bismarck, Franz Kaiser: Jürgen Partenheimer. Ausgewählte Texte, Frankfurt. Edition Cantz, 1993 ISBN 3893225390
Christoph Schreier, Michael Semff: Jürgen Partenheimer. Drucke und Bücher. Bonn, München. Richter Verlag, 1994 ISBN 3929790076
Christa Häusler: Partenheimer, Architektur und Skulptur, Hatje Cantz - Reihe Cantz, 1994 ISBN 3893222847
Dieter Ronte: Jürgen Partenheimer. Über die Erinnerung oder die verkehrte Welt. Bonn. Richter Verlag, 1995 ISBN 3928762354
Rudi Fuchs: Partenheimer. Cantos, Amsterdam. 1997 ISBN 9050061222
Kurt v. Figura, Uwe Schramm: Jürgen Partenheimer. Die Verschickung der Orte. Göttingen, Dortmund. 1997 ISBN 3980379094
Garner Tullis, Wolfgang Häusler: Jürgen Partenheimer. Boder Lines-Grenzlinien. New York. Richter Verlag, 1997 ISBN 9783928762830
Juan Manuel Bonet: Jürgen Partenheimer. Cantos y otras mentiras, Valencia. Richter Verlag, 1998 ISBN 8448216962
Klaus Schrenk: Jürgen Partenheimer. Fragmente, Karlsruhe. Richter Verlag, 1998 ISBN 3928762869
Miguel Fernandez Cid: Jürgen Partenheimer. Santiago de Compostela. 1999 ISBN 8445325892
Rolf Wedewer: Jürgen Partenheimer. Tönende Schatten. Leverkusen, St. Gallen, Düsseldorf. 1999 ISBN 3925520163
Fernando Francés: Jürgen Partenheimer. La caida del humo. Santander 1999 D.L-SA-625
Dieter Ronte: Partenheimer in China. Richter Verlag, 2000 ISBN 3933807565
Jan Hoet: Jürgen Partenheimer. La robe des choses, Gent. Merz Verlag, 2002 ISBN 9076979081
Wolfgang Häusler: Jürgen Partenheimer. Hamish Fulton. Mindscape, München. 2003 ISBN 3980849414
Hartmut Griepentrog: Jürgen Partenheimer. Gelsenwasser, Gelsenkirchen. Richter Verlag Düsseldorf, 2003 ISBN 3980891712
Heinz Althöfer, Bazon Brock: Jürgen Partenheimer. Der Schein der Dinge, Dortmund. Richter Verlag, 2004 ISBN 3937572104
Maria Linsmann: Jürgen Partenheimer. Künstlerbücher - Artists Books 1970-2003. Wienand Verlag, 2004 ISBN 3879098484
Marcelo M. Araujo: Jürgen Partenheimer. Suave Loucura, São Paulo. Editora Estação Liberdade, 2005 ISBN 8574481033
Klaus Schrenk: Jürgen Partenheimer. Roma - São Paulo, Karlsruhe. Richter Verlag, 2006 ISBN 3937572538
Jürgen Partenheimer: Copan. São Paulo Tagebuch, Karlsruhe. 2006 ISBN 3925212655
Peter André Bloch: Jürgen Partenheimer. Metaphysische Landschaft, Basel. 2007 ISBN 9783796524011
Jürgen Partenheimer: Fraktales Denken. Zarter Wahnsinn. Literaturbuchhandlung Moths, München. 2008
Nigel Prince: Jürgen Partenheimer. Discontinuity, Paradox & Precison, Birmingham. 2008 ISBN 9781904864400
Uwe Wieczoreck: Jürgen Partenheimer. Das Schlüsselloch im Museum Chasa Jaura Valchava, Valchava. 2009
Jürgen Partenheimer: Reality and Vision. The RISD occasional papers series No. 1. Rhodes Island School of Design, Providence. 2009
Jürgen Partenheimer: Die fünfte Himmelsrichtung ist die Mitte. Kiel. 2010 ISBN 9783981378115
Jochen Kienbaum: Jürgen Partenheimer. Seeds & Tracks and Folded Spirits. South African Diary. Kienbaum Artist Book-Edition, Snoeck Verlag, Köln. 2011 ISBN 9783864420351
Baudi & Milco Onrust: Jürgen Partenheimer. Works-Renga, Onrust, Amsterdam. 2012 ISBN 9789076135007
Klaus Schrenk, Dirk Lukow, Benno Tempel, Nigel Prince: Jürgen Partenheimer. Das Archiv – The Archive. München, Hamburg, Den Haag, Vancouver. Distanz Verlag Berlin, 2014 ISBN 9783954760466
Anne Claire Schumacher: Jürgen Partenheimer - Calliope, Genf. Snoeck, Köln, 2015, ISBN 978-386442-147-1
Andrea Schlieker: Jürgen Partenheimer. Lichtschwarm, White Cube, London 2017, ISBN 978 1 910844 17 5[3]
Jürgen Partenheimer, Architecture-Sculpture, Den Haag, 2000
Jürgen Partenheimer, Violer d'amores, 2004, Onrust, Amsterdam
Jürgen Partenheimer, 'De slapende goden', met lithografieën van Jürgen Partenheimer en gedichten van Cees Nooteboom, Ergo Pers, 2005
Jürgen Partenheimer, Copan - Diario Paulistano, 2006