Hij is/was lid van diverse invloedrijke bands. In 1994 werd hij bekroond met de BBCYoung Tradition Award en in 2001, kreeg hij de Instrumentalist of the Year Award op de BBC Radio 2 Folk Awards.
McGoldrick was een van de oprichters van de KeltischerockbandToss de Feathers terwijl hij nog op school was. Hij deed ook mee met Fleadhanna met Dezi Donnelly (viool en John-Jo Kelly (bodhrán), hij had ze ontmoet op de lokale Comhaltas bijeenkomsten. Hij deed optredens op diverse lokale en nationale festivals en heeft ook fluitworkshops georganiseerd en was op het Cambridge Folk Festival en op Folkworks voor hun "Flutopia" concerttoer.
McGoldrick vormde de band Fluke! (later hernoemd tot Flook), met Brian Finnegan en Sarah Allen in november 1995. Na een toer vertrok hij en ging andere projecten nastreven. Hij was een van de eerste medewerkers van Lúnasa en speelde op hun eerste twee albums. Van 1997 tot ongeveer 2000 speelde hij in die band. Hij sloot zich aan bij Capercaillie in 1997, en heeft regelmatig gespeeld voor Afro-Celt Sound System en Kate Rusby 's band. Hij leidt nu de Michael McGoldrick Band.