RNA-polymerase V

RNA-polymerase V is een RNA-polymerase, die betrokken is bij de siRNA-directe de-novomethylering in planten, dat leidt tot heterochromatische silencing.^[1] Silencing vindt plaats via RNA-interferentie. RNA-polymerase V is een afgeleide van RNA-polymerase II. RNA-polymerase V komt voor in de celkern.^[2]

RNA-polymerase V komt samen met RNA-polymerase IV specifiek voor in plantengenomen.^[3]

RNA-polymerase V bestaat uit 12 subeenheden, waarvan veel gemeenschappelijk met die van RNA-polymerase II en RNA-polymerase IV.

Subeenheden^[4]

Pol V subeenheden	Al of niet in de andere RNA-polymerasen voorkomend	Menselijk gen	Aantal proteïnogene aminozuren[5]	Menselijke Pol II subeenheden
RPE1	IV		1444
RPE2	IV, V		1229
RPE3	II, IV, V	POLR2C[6]	275	subunit C
RPE4	IV, V		219
RPE5	V		248
RPE6	I, II, III, IV, V	POLR2F[7]	127	hRPB6 (subunit F)
RPE7	IV, V		175
RPE8	I, II, III, IV, V	POLR2H[8]	149	hRPB8 (subunit H)
RPE9	II, IV, V	POLR2I[9]	125	subunit I
RPE10	II, IV, V	POLR2J[10]	117	subunit J
RPE11	I, II, III, IV, V	POLR2K[11]	58	hRPB10 (subunit K)
RPE12	I, II, III, IV, V	POLR2L[12]	67	hRPB12 (subunit L)

Functie

RNA-polymerase V remt de transposons en repetitief-DNA tijdens het siRNA-reactiepad.^[1] Het siRNA speelt een hoofdrol bij de verdediging van het genoom tegen binnendringende virussen en springende genen door de door het RNA gestuurde DNA-methylatie.^[3]

Bepaling type RNA-polymerase

Alfa-amanitine wordt door zijn werkingsmechanisme ook veelal gebruikt als een stuk gereedschap in wetenschappelijke studies in moleculaire biologie en biologisch onderzoek. Het kan gebruikt worden om te bepalen welke vormen van RNA-polymerase aanwezig zijn. Men test dan de gevoeligheid van de RNA-polymerase in aanwezigheid van alfa-amanitine. RNA-polymerase I, RNA-polymerase IV en RNA-polymerase V zijn ongevoelig, RNA-polymerase II zeer gevoelig en RNA-polymerase III is enigszins gevoelig voor alfa-amanitine.^[13]

Bronnen, noten en/of referenties

1. Herr, A. J. , M. B. Jensen, T. Dalmay, and D. C. Baulcombe (2005). RNA Polymerase IV Directs Silencing of Endogenous DNA. Science 308 (5718): 118–20. PMID 15692015. DOI: 10.1126/science.1106910.
2. Leydi de Rocio Canche Moo, Angela Kú González, · Luis Carlos Rodríguez-Zapata, Victor Suarez, Enrique Castaño, Expression of RNA polymerase IV and V in Oryza sativa, Electronic Journal of Biotechnology, Vol. 15 No. 2, Issue of March 15, 2012, ISSN 0717-3458
3. Zhang, Xiaoyu, Ian R. Henderson, Cheng Lu, Pamela J. Green, and Steven E. Jacobsen (2007). Role of RNA polymerase IV in plant small RNA metabolism. Proc Natl Acad Sci USA 104. DOI: 10.1073/pnas.0611456104.
4. Thomas S. Ream, Jeremy R. Haag, and Craig S. Pikaard, Chapter 13, Plant Multisubunit RNA Polymerases IV, and V
5. Functional diversification of maize RNA polymerase IV and V subtypes via alternative catalytic subunits, NIHMS627471-supplement-1, Cell Rep. 2014 Oct 9; 9(1): 378–390. Published online 2014 Oct 2. doi:10.1016/j.celrep.2014.08.067
6. HGNC
7. HGNC
8. HGNC
9. HGNC
10. HGNC
11. HGNC
12. HGNC
13. Meinecke and S. Meinecke-Tillmann (1993). "Effects of -amanitin on nuclear maturation of porcine oocytes in vitro". Journal of Reproduction and Fertility 98 (1): 195–201. doi:10.1530/jrf.0.0980195. PMID 8345464.