Estisk musikk er kjenneteikna av ein folkemusikktradisjon nærskyld med gammal finsk folkemusikk, kunstmusikk med impulsar frå kulturelt samkvem med Tyskland og Russland og ein sterk folkeleg korsongtradisjon.
Den eldste folkemusikken til finsk-ugriske folk er runesongen, prega av versemål og språkrytme i dei episke folkedikta. I runesongen vert ein serie på éin til tre musikalske frasar stadig gjenteken, ofte slik at ein forsongar syng først og vert repetert av eit kor, og det så vert føydd til ei høgare solostemme. Melodien held seg til vanleg innan eit omfang som varierer mellom ein ters og ein sekst, og den rytmiske karakteren kan lettast noterast i ein 5/4-takt.
Vanlege musikkinstrument til denne musikken er kannel, eit motstykke til den finske kantele.
Som i andre europeiske land, har den eldste kunstmusikken vore knytt til kyrkja og dei høgre laga av folket. I mellomalderen kom dei herskande klassane i Estland frå Tyskland, og dei førte med seg sitt reportoar og sine musikkinstrument. Etter reformasjonen vart reformasjonens kyrkjemusikk innført i dei nordlege områda, medan katolsk kyrkjemusikk vart dyrka i sør. Det svenske universitetet i Tartu vart grunnlagt i 1632 og bidrog med regelmessige konsertar og musikkspel.
På 1800-talet bidrog spesielt lutherske prestar og lærarar til utvikling av ein folkeleg korsongtradisjon. Estiske bønder og landarbeidarar leid under eit umenneskjeleg press, og lærarar og prestar byrja arbeidet for folkets sak. I dette arbeidet nytta dei mellom anna songen for å fremje opplysning, og dei stifta kor i bygdene.
Songkora ordna med lokale songfestar. Den fyrste landsomfattande songfesten vart halden i universitetsbyen Tartu i 1869, og samla 15 000 tilhøyrarar. Denne la grunnlaget for ein unik folkeleg tradisjon, med tusenvis av medverkande. Dei største songarfestane, som Den estiske songfestivalen i Tallinn, kan samle 30 000 utøvarar og ti gonger så mange tilhøyrarar.
I sovjettida vart det alt i 1944 starta eit profesjonelt statleg mannskor, året etter eit profesjonelt blandakor.
Gjenom tsartida var songfestivalane ein folkeleg opposisjon, og gjennom sovjettida tente songfestivalene til ein tilsvarande nasjonal mobilisering. Den estiske lausrivingsprosessen frå Sovjetunionen vert kalla «Den syngande revolusjonen».
Med bakgrunn i den nasjonaltsinna kulturbløminga utvikla det seg også ein eigen estisk kunstmusikk. Markante komponistar har vore: