Kanselli (frå latin cancel'laria) er ei nemning på eit sentralt forvaltningsorgan i ein stat.
Eit kanselli var opphavleg eit rom med «gitter» (cancelli), der fyrsten eller ein leiande embetsmann mottok og ekspederte skriv eller kunngjeringar.
I mellomalderen i Noreg var det kanslaren sitt kontor, og kanselliet syrgde for at kongen eller statsrådet sine dekret vart skrivne og utsende.
I Danmark-Noreg var kanselliet, innført med eineveldet i 1660, delt i to. Det danske kanselli hadde ansvar for danske og norske innanrikssaker, så som kyrkje, skule og rettsstell. Medan det tyske kanselli hadde ansvaret for utanrikssaker og saker vedkomande kongen sine tyske hertugdømme Schleswig og Holstein.
Den katolske kyrkja sitt kanselli vart oppretta av pave Pius II i 1463.