Clustal

Clustal to seria programów stosowana w biologii molekularnej i bioinformatyce. Służy ona do jednoczesnego dopasowywania wielu sekwencji. Stosowana zarówno do sekwencji kwasów nukleinowych jak i białek. Na podstawie dopasowań, program jest w stanie przygotować odpowiadające im drzewa filogenetyczne. Istnieje wiele wersji programu Clustal, powstałych na różnych etapach rozwoju jego algorytmów[1].

Wersje programu Clustal

[edytuj | edytuj kod]

Clustal

Pierwotne oprogramowanie do dopasowywania wielu sekwencji, stworzone przez Des Higgins'a w 1988 roku, opierało się na tworzeniu drzew filogenetycznych z par sekwencji aminokwasów lub nukleotydów[2].

ClustalV

Druga generacja oprogramowania Clustal. Została wydana w 1992 r. Po czym dopasowana do oryginalnego pakietu Clustal. Wprowadzono w tej wersji: rekonstrukcję drzewa filogenetycznego na podstawie końcowego dopasowania, możliwość tworzenia nowych dopasowań ze stworzonych wcześniej zestawień oraz opcję tworzenia drzew filogenetycznych z dopasowań stworzonych metodą „Neighbour Joining”[3].

ClustalW

Trzecia generacja, wydana w 1994 roku, znacznie poprawiona względem poprzednich wersji. Ulepszenie polegało na zastosowaniu progresywnego algorytmu. Umożliwiło to analizę poszczególnych sekwencji na podstawie podobieństwa lub rozbieżności względem częściowych dopasowań. Wprowadzono również możliwość uruchomienia programu w trybie wsadowym z poziomu wiersza poleceń[3].

ClustalX

Wersja, wydana w 1997 roku, pierwsza wersja z graficznym interfejsem użytkownika[4].

ClustalΩ (Omega)

Aktualna wersja standardowa. Dostępna na największej liczbie platform[5][6].

Clustal2

Zaktualizowana wersja na podstawie ClustalW i ClustalX charakteryzująca się większą dokładnością i wydajnością niż wersje bazowe[7].

Przypisy

[edytuj | edytuj kod]
  1. ↑ Ramu Chenna i inni, Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs, „Nucleic Acids Research”, 31 (13), 2003, s. 3497–3500, ISSN 1362-4962, PMID: 12824352, PMCID: PMC168907 [dostęp 2018-05-03].
  2. ↑ D.G. Higgins, P.M. Sharp, CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer, „Gene”, 73 (1), 1988, s. 237–244, ISSN 0378-1119, PMID: 3243435 [dostęp 2018-05-03].
  3. ↑ a b D.G. Higgins, A.J. Bleasby, R. Fuchs, CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment, „Computer applications in the biosciences: CABIOS”, 8 (2), 1992, s. 189–191, ISSN 0266-7061, PMID: 1591615 [dostęp 2018-05-03].
  4. ↑ J.D. Thompson i inni, The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools, „Nucleic Acids Research”, 25 (24), 1997, s. 4876–4882, ISSN 0305-1048, PMID: 9396791, PMCID: PMC147148 [dostęp 2018-05-03].
  5. ↑ Fabian Sievers, Desmond G. Higgins, Clustal Omega, „Current Protocols in Bioinformatics”, Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc., 2014, 3.13.1–3.13.16, DOI: 10.1002/0471250953.bi0313s48, ISBN 978-0-471-25095-1 [dostęp 2018-05-03] (ang.).
  6. ↑ Fabian Sievers, Desmond G. Higgins, Clustal Omega, Accurate Alignment of Very Large Numbers of Sequences, Methods in Molecular Biology, Humana Press, Totowa, NJ, 2014, s. 105–116, DOI: 10.1007/978-1-62703-646-7_6, ISBN 978-1-62703-645-0 [dostęp 2018-05-03] (ang.).
  7. ↑ David Dineen, Clustal W and Clustal X Multiple Sequence Alignment [online], www.clustal.org [dostęp 2018-05-03].