Urodził się w Wiedniu, w rodzinie z muzycznymi tradycjami. Jego matka, z domu Streicher, pochodziła ze znanej rodziny budowniczych fortepianów, ściśle związanej z Beethovenem[1].
W 1847 został dyrektorem stowarzyszeń muzycznych w Moguncji. Działał tam do 1851 jako dyrygent i kompozytor muzyki scenicznej[2]. Otrzymał też zamówienie od muzycznej firmy wydawniczej Schott Music na dwie opery: Don Riego (1849) i Die rothe Maske (1850), których premiery miały miejsce w Moguncji i w Mannheim[1].
Jego debut pianistyczny odbył się 23 czerwca 1851 w londyńskim Royal Philharmonic Society, podczas którego wykonał II Koncert fortepianowy a-moll, op. 85 Hummla[2][3]. Po tym sukcesie zdecydował się kontynuować karierę w Anglii, choć nie zerwał dotychczasowych kontaktów, koncertował za granicą, z od czasu do czasu wracał do Niemiec. W 1866 został mianowany nadwornym pianistą Cesarstwa Austrii[1].
Jego dorobek kompozytorski obejmuje trzy opery, symfonię, kwartety, kwintety, pieśni i utwory na fortepian historyczny[4].
W 1859 objął po Ciprianim Potterze profesurę w klasie fortepianu w Królewskiej Akademii Muzycznej. Pozostał na tym stanowisko do 1864[2]. Był profesorem fortepianu w londyńskiej National Training School for Music od jej założenia w 1876, a następnie, po jej przekształceniu w 1883 w Royal College of Music został głównym wykładowcą, specjalizującym się w fortepianach historycznych.
W 1861 dał cykl sześciu koncertów ilustrujących powstawanie i rozwój muzyki fortepianowej wykonywanej na fortepianach historycznych[a], w ujęciu chronologicznym, od ok. 1600 do czasów mu współczesnych. Podobne koncerty, ale z innym programem, powtórzył w latach 1862, 1863 i 1867[1].
W 1870 Pauer rozpoczął nową fazę swojej aktywności zawodowej. Stał się popularyzatorem wiedzy dotyczącej historii muzyki klawiszowej, historii oratorum, muzyki (jemu) współczesnej, praktyki pedagogicznej w nauczaniu muzyki i wielu pokrewnych tematów. Jego odczyty odbywały się w Royal Institution of Great Britain, w Muzeum Wiktorii i Alberta i wielu innych prestiżowych lokalizacjach na terenie Wielkiej Brytanii i Irlandii[1].
Jego aktywność popularyzatorska miała także aspekt edytorski. Jako redaktor, Pauer przygotowywał atrakcyjne i niedrogie wydania nutowe utworów na instrumenty klawiszowe z XVII i XVIII w., w tym angielskich wirginalistów i klawesynistów, 18 zeszytów Alte Klaviermusik, 3 tomy Alte Meister, 2 tomy Alte Tänze, wielotomowe wydania popularnych utworów kompozytorów włoskich i francuskich itd. Wydawał też własne wyciągi fortepianowe symfonii Beethovena i Schumanna, redagował wiele dziewiętnastowiecznych utworów fortepianowych i wokalnych, m.in. sonatinyClementiego, pieśniMendelssohna, pieśni Schuberta w transkrypcjiLiszta.
Jego ojciec, Ernst Pauer (1791–1861), był głównym pastorem kościoła luterańskiego, dyrektorem seminarium teologicznego w Wiedniu i superintendentem generalnym kościołów luterańskich w Cesarstwie Austrii[1].
Jego żona Andreae pochodziła z Frankfurtu. Była kontralcistką i doskonałym muzykiem. Wniosła duży wkład w działalność London Bach Choir[1].
Ich syn, Max von Pauer (1866–1945), był również odnoszącym sukcesy pianistą, a ponadto dyrektorem różnych konserwatoriów w Niemczech[5].
W 1896, w wieku 70 lat, Ernst Pauer przeszedł na emeryturę i osiadł w niemieckim Jugenheim, w pobliżu Darmstadt.
The elements of the beautiful in music. London, Novello, 1876
The art of pianoforte playing. London, Novello, Ewer and Co., 1877
Musical forms. London, New York, Novello and Co., H.W. Gray Co, 1878
The birthday book of musicians and composers. London, Edinburgh Forsyth Bros., 1881
A dictionary of pianists and composers for the pianoforte. With an appendix of manufacturers of the instrument. London, Novello, Ewer & Co.'s Music Primers, etc. No. 46, 1895
The Culture of the Left Hand. A Collection of useful and practical [P. F.] Exercises and Studies for giving strength, firmness, independence and suppleness to the left hand. Selected, fingered, revised and edited by E. Pauer, etc. London, Augener, 1907
Alte Claviermusik in chronologischer Folge neu hrsg. und mit Vortragszeichen vers. von E. Pauer. Leipzig, Senff, o. J.
Alte Meister. Sammlung werthvoller Klavierstücke des 17. und 18. Jahrhunderts. Leipzig, Breitkopf und Härtel, o. J., 3 Bände
R. Schumann's vocal album. London, Augener, o. D.
The piano works of F. Mendelssohn-Bartholdy edited by E. Pauer. London, Augener, 1865–1873
Recollections of Meyerbeer. Six transcriptions for the Pianoforte. London, 1867
Die Winterreise. 24 Songs with pianoforte accompaniment. Edited by E. Pauer. Eng. & Ger. Offenbach s./M, Chez Jean André, 1871
Das wohltemperierte Klavier. 48 preludes and fugues by J.S. Bach. 1874
50 harpsichord lessons selected, revised and fingered by E. Pauer. 1877
The complete Piano works of W. A. Mozart, edited by E. Pauer. 1874
The complete Piano Works by F. Schubert, edited by E. Pauer. London, Augener, 1874
Mendelssohn-Bartholdy. Complete works for Pianoforte and Orchestra with a compressed score of the Orchestral accompaniments to be used on a second Pianoforte. Arranged and revised by E. Pauer. London, 1879
The piano works of Robert Schumann, edited by E. Pauer. 1879 (?)
Complete Pianoforte solo works [by Haydn, Joseph]. Edited by E. Pauer. London, 1879
The Children's Beethoven. Short pieces for the Pianoforte revised by E. Pauer. London, Augener, 1879
Old English Composers for the Virginals & Harpsichord. A collection of preludes, galliards, pavanes, grounds, chaconnes, suites, overtures, sonatas, etc. etc. selected from the works of William Byrde, Dr. John Bull, Orlando Gibbons, Dr. John Blow, Henry Purcell and Dr. Thomas Augustine Arne. Revised & edited by E. Pauer. With biographical notices by W. A. Barrett, etc. 1879
The complete piano solo works by C. M. von Weber, edited by E. Pauer. London, Augener, 1879
Transcriptions for the Pianoforte by F. Liszt. Revised by E. Pauer, 1880
Schulhoff-Album. Favorite Pianoforte Pieces. Edited by E. Pauer. London, Augener & Co, 1882–1878
Complete Piano Works of L. van Beethoven. Edited by Ernst Pauer. London, Augener & Co., 1865–1873
50 Special and Preparatory Studies for the pianoforte intended as an assistance to a thoroughly artistic performance of Beethoven's Sonatas. London, Augener & Co, 1895
Zemiroth Israel, traditional Hebrew melodies chanted in the synagogue and the home edited, harmonized and arranged for the pianoforte by Ernst Pauer; with an explanatory preface by Francis L. Cohen. London, Augener, 1896
The complete dances by L. van Beethoven, edited, revised and partly arranged for the pianoforte by E. Pauer. London, Augener & Co., ca. 1892
Alte Tänze. Samml. d. berühmtesten dt., franz. u. ital. Gavotten; für Pianoforte ausgew., theilw. einger. u. durchges. von E. Pauer. Leipzig, Breitkopf und Härtel, 1910
A.J. Hipkins: Pauer, Ernst. W: The New Grove Dictionary of Music and Musicians, vol. P. Oxford University Press, 2004. ISBN 978-0-19-517067-2. (ang.).
A.J. Hipkins: Pauer, Ernst. W: A Dictionary of Music and Musicians. MacMillan & Co., 1900, s. 674–675. (ang.).
Pauer, Ernst. W: Daniel Coit Gilman, Harry Thurston Peck, Frank Moore Colby: The New International Encyclopædia. vol. XV. Nowy Jork: Dodd, Mead, 1905. (ang.).