Estoński ruch oporu był mniej dynamiczny i nie działał na szeroką skalę jak w innych okupowanych krajach Europy. Powodem tego były stosunkowo łagodne działania hitlerowskich władz okupacyjnych względem Estończyków, zwłaszcza w porównaniu do poprzedniej represyjnej radzieckiej okupacji Estonii (1940-1941). Ruch podzielony był na organizacje proniepodległościowe i proradzieckie.
Mimo początkowych przyjaznych nastrojów wobec Niemców, którzy przez wielu Estończyków uznawani byli za wyzwolicieli spod radzieckiej okupacji, w ciągu pierwszych miesięcy wojny stopniowo przyjaźń ustępowała wrogości wobec nowego okupanta[1]. Plany stworzenia niepodległego rządu estońskiego zostały odrzucone, Alfred Rosenberg utworzył Komisariat Rzeszy Wschód, który obejmował terytoria krajów bałtyckich[2].
Oburzenie ludności cywilnej przybrało na sile w 1942 roku, gdy Niemcy nałożyli przymus obowiązkowej służby wojskowej dla mężczyzn i zmniejszono racje żywności. Lider prohitlerowskich estońskich nacjonalistów Hjalmar Mäe (przewodniczący Estońskiego Dyrektoriatu) stracił zaufanie większej części społeczeństwa ze względu na krytykę przedwojennego prezydenta Konstantina Pätsa[3]. Niechęć lidera nacjonalistów przyczyniła się do jeszcze większego podzielenia Estończyków. Ruch oporu w kraju podzielił się na proniepodległościowy i proradziecki.
Ruch proniepodległościowy liczył na wsparcie aliantów zachodnich, domagał się zbliżenia ze Szwecją i Finlandią[4]. Główną siłą antyniemiecką była "Vaba Eesti Võitlusrinne". Organizacja powstała w sierpniu 1942 roku, na jej czele stali Juhan Reigo i Endel Inglist. Organizacja publikowała podziemne pisma "Vaba Eesti" (ukazało się 14 wydań) i "Võitlev Eestlane"[5]. 6 stycznia 1943 przywódcy ruchu niepodległościowego, którzy przeżyli represje radzieckie, spotkali się w Sztokholmie.
Ruch opozycyjny utworzył w marcu 1944 Komitet Narodowy Republiki Estońskiej (Eesti Vabariigi Rahvuskomitee). Komitet składał się z działaczy przedwojennych partii opozycyjnych. EVR miał na celu utworzenie niepodległego rządu Estonii, gdy wojska hitlerowskie wycofają się z kraju pod naporem Armii Czerwonej. Estoński Rząd Narodowy został ogłoszony 18 września 1944, powołano niezależne jednostki wojskowe, które zajęły następnie budynki rządowe nazistowskiego okupanta w Toompea[6].
Przywódca rebelii admirał Johan Pitka został zabity w czasie walk w Tallinnie[4]. Próba powołania niezależnego rządu nie udała się. Niemcy aresztowali większość członków spisku. Niewielka liczba Estończyków była zaangażowana w zbrojny ruch oporu w czasie II wojny światowej, działalność ograniczała się do wydawania nielegalnych wydawnictw, szpiegostwa i sabotażu przeprowadzanego przez partyzantkę proradziecką.