Od 2008 do 2013 był szkoleniowcem reprezentacji Finlandii. W tym okresie jego największym sukcesem jest mistrzostwo świata zdobyte podczas turnieju w 2011.
W listopadzie 2012 został jednocześnie trenerem rosyjskiej drużyny SKA Sankt Petersburg jednocześnie pozostawał selekcjonerem[3][4]. Po sezonie KHL (2013/2014) odszedł ze SKA[5]. Od tego czasu był selekcjonerem kadry juniorskiej Finlandii do lat 20. Od połowy 2016 trener Jokeritu[6]. Po sezonie KHL (2017/2018) ustąpił ze stanowiska[7]. Jeszcze w październiku 2017 potwierdzono, że Jalonen zostanie ponownie głównym trenerem reprezentacji Finlandii od sezonu 2018/2019[8]. Po raz drugi poprowadził kadrę ojczyzny do mistrzostwa świata w edycji 2019[9]. W edycji 2021 jego kadra zdobyła srebrny medal[10]. Na Zimowych Igrzyskach Olimpijskich w Pekinie 2022 zdobył z reprezentacją pierwszy w historii kraju złoty medal tej rangi[11]. Na turnieju MŚ 2022 2022 po raz trzeci zdobył z Finlandią złoty medal[12].