Od 1873 pracował jako prosektor na Uniwersytecie w Jenie, od 1878 jako docent, od 1898 jako profesor zwyczajny. Bardeleben specjalizował się w anatomii topograficznej i porównawczej.
Die Gesetzmässigkeit des Knochenbaus und ihre allgemeine Bedeutung (1878)
Entwickelung der Extremitäten-Venen (1879)
Episternum des Menschen (1879)
Das Klappen-Distanz-Gesetz (1880)
Die Hauptvene des Armes (1880)
Muskel und Fascie (1881)
Anleitung zum Präparieren (1882. 4. Aufl. 1896)
Das Os intermedium tarsi der Säugetiere und des Menschen (1883)
Aponeurose (1885)
Entwickelung der Fusswurzel (1885)
Bauchhöhle. Bindegewebe (1885)
Zur Morphologie des Hand- und Fussskelets (1885)
Brusthöhle (1885)
Anatomische Verhältnisse der vorderen Brustwand und die Lage des Herzens (1885)
Über neue Bestandteile der Hand- und Fusswurzel der Säugetiere, sowie die normale Anlage von Rudimenten überzähliger Finger und Zehen beim Menschen (1885)
Hand und Fuss (1886)
Allgem. Anatomie und Histologie des Knochens (1887)
Die morphologische Bedeutung des Musc. sternalis (1888)
Über die Lage der weiblichen Beckenorgane (1888)
Praepollex und Praehallux (Deutsch und englisch. 1889)
Über die Hand- und Fussmuskeln der Säugetiere, bes. die des Praepollex (Praehallux) und Postminimus (1890)
Karyokinese (1891)
Über bisher unbekannte anatomische Arbeiten Goethes (1891)
Über den feineren Bau der menschlichen Spermatozoën (1891)
Über Innervierung, Entstehung und Homologie der distalen Gliedmassenmuskeln bei den Säugetieren (1891)
Die Häufigkeit überzähliger Brustwarzen (Hyperthelie), bes. beim Mann (1891)
Drei weitere Beiträge zur Hyperthelie (1892. 1893.)
Goethe als Anatom (1892)
Über Spermatogenese beim Menschen und bei Säugetieren, bei Monotoemen, Marsupialiern
Beiträge zur Histologie des Hodens etc.
Goethes anatomische Schriften
Atlas der topographischen Anatomie des Menschen (mit H. Haeckel 1894)
Bones and Muscles of the mammalian Hand and Foot (1894)
Hand und Fuss (Zusammenfassendes Referat 1894)
Praefrontale u. Postfrontale des Menschen (1896)
Innervierung der Muskeln, bes. an den menschlichen Extremitäten (1897)