Klub został założony pierwotnie w 1928. Drużyna MKS Legia Krosno została mistrzem podokręgu rzeszowskiego w 1945[1]. Formalnie Miejski Klub Sportowy „Legia” w Krośnie został wpisany do rejestru stowarzyszeń 6 września 1946[2]. 20 sierpnia 1961 dwa krośnieńskie kluby KKS Legia i MZKS Krośnianka połączyły się tworząc klub pod nazwą MZKS Krosno[3][4]. 16 lutego 1963 dokonano zmiany nazwy klubu na Krośnieński Klub Sportowy „Karpaty” Krosno[5].
W 1964 w ramach klubu działało 12 sekcji, w tym nadal hokeja na lodzie[6]. W 1986 w klubie funkcjonowało osiem sekcji[7].
Zespół czterokrotnie występował w II lidze: 1951–1953 pod nazwą Włókniarz Krosno, 1957–1963/1964 pod nazwami Legia Krosno; MZKS Krosno, Karpaty Krosno, 1987/1988–1988/1989, 1992/1993–1994/1995[8]. Od stycznia 2013 do grudnia 2014 prezesem klubu była Joanna Frydrych[9][10]. W sezonie 2022/2023 Karpaty zajęły drugie miejsce w IV lidze podkarpackiej, wyprzedzone przez Cosmos Nowotaniec[11]. 3 lipca 2023 Podkarpacki Związek Piłki Nożnej poinformował, że w związku z rezygnacją Cosmosu z awansu do III ligi, grupy IV, awans do tejże dywizji uzyskały właśnie Karpaty[11]. W pierwszym sezonie (2023/2024) drużyna spadła z powrotem do IV ligi[12].
2023/2024 – III liga IV grupa (16. miejsce – spadek)[11]
2022/2023 – IV liga podkarpacka (2. miejsce – awans*)
2021/2022 – IV liga podkarpacka (4. miejsce)
2020/2021 – IV liga podkarpacka (3. miejsce)
2019/2020 – IV liga podkarpacka (14. miejsce)
2018/2019 – IV liga podkarpacka (9. miejsce)
2017/2018 – III liga IV grupa (18. miejsce - spadek)
2016/2017 – III liga IV grupa (7. miejsce)
2015/2016 – III liga lubelsko - podkarpacka (5. miejsce)
2014/2015 – III liga lubelsko - podkarpacka (2. miejsce)
2013/2014 – III liga lubelsko -podkarpacka (6. miejsce)
2012/2013 – III liga lubelsko – podkarpacka (8. miejsce)
2011/2012 – III liga lubelsko – podkarpacka (9. miejsce)
2010/2011 – III liga lubelsko – podkarpacka (6. miejsce)
2009/2010 – III liga lubelsko – podkarpacka (12. miejsce)
2008/2009 – III liga lubelsko – podkarpacka (10. miejsce)
2007/2008 – IV liga podkarpacka (5. miejsce – awans**)
2006/2007 – V liga Krosno (1. miejsce – awans)
2005/2006 – V liga Krosno (2. miejsce)
2004/2005 – IV liga podkarpacka (17. miejsce – spadek)
2003/2004 – IV liga podkarpacka (9. miejsce)
2002/2003 – V liga Krosno (1. miejsce – awans)
2001/2002 – V liga Krosno (2. miejsce)
2000/2001 – V liga Krosno – Przemyśl
1999/2000 – IV liga podkarpacka (spadek)
1998/1999 – III liga grupa południowo – wschodnia (15. miejsce – spadek)
1997/1998 – IV liga podkarpacka (1. miejsce – awans)
1996/1997 – IV liga podkarpacka (3. miejsce)
1995/1996 – III liga małopolska (17. miejsce – spadek)
1994/1995 – II liga wschodnia (18. miejsce – spadek)
1993/1994 – II liga wschodnia (13. miejsce)
1992/1993 – II liga wschodnia (4. miejsce)
1991/1992 – III liga małopolska (1. miejsce – awans)
1990/1991 – III liga małopolska (8. miejsce)
1989/1990 – III liga małopolska (3. miejsce)
*Zwycięzca IV ligi podkarpackiej w sezonie 2022/2023, Cosmos Nowotaniec, zrezygnował z udziału w wyższej klasie rozgrywkowej[11]. Decyzja ta była związana z brakiem możliwości korzystania z domowego obiektu w III lidze[11].
**Po sezonie 2007/2008 nastąpiła reforma rozgrywek, w wyniku którego III liga stała się IV poziomem rozgrywkowym.
Trenerem Karpat był m.in. Orest Lenczyk (na początku swojej kariery trenerskiej w sezonie 1970-71 doprowadził Karpaty do awansu z klasy okręgowej do klasy międzywojewódzkiej tj. na trzeci poziom rozgrywkowy[15]) i Marian Kosiński (1989/90 i 1991/92). W latach 2010–2013 trenerem był Tomasz Wacek[16].