Wieś lokowana w 1475 r. W Miłkach urodził się pastor Jan Jakub Hoynovius (1653–1698), tłumacz na język polski pieśni religijnych, zamieszczanych w różnych kancjonałach. W latach 1675–1676 pastorem w Miłkach był Fryderyk Mortzfeld – autor kilkudziesięciu pieśni polskiego kancjonału, wydanego w 1684 w Królewcu. W Miłkach i okolicach rozgrywa się pierwsza mazurska powieść historyczna Marcina Gerssa Jest Bóg! z 1875[7]. Na początku XX w. we wsi mieszkało ok. 600 osób, funkcjonowała gospoda.
Kościół wybudowano w 1481, spalony następnie przez Tatarów hetmana Gosiewskiego w 1656, odbudowany w 1669. Kościół był uszkodzony w czasie walk pierwszej wojny światowej, po wojnie odbudowany. Świątynia posiada gotyckie prezbiterium z czasów budowy pierwszego kościoła, główny korpus barokowy. Od frontu niska wieża o wolutowych szczytach. Wystrój wnętrza z drugiej połowy XVII w., ołtarz główny z obrazem Ostatnia Wieczerza, malowana empora organowa z 1698 oraz dwa rzeźbione krzesła obite kurdybanem.
Na zachód od wsi nad jeziorem Buwełno znajdują się wzniesienia nazywane Paprockimi Górami z resztkami bunkrów i umocnień, pozostałość walk rosyjsko-niemieckich z lat 1914–1915 i 1945[8].
↑Rozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 12 listopada 1946 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości (M.P. z 1946 r. nr 142, poz. 262)
↑Rozporządzenie Ministra Administracji i Cyfryzacji z dnia 13 grudnia 2012 r. w sprawie wykazu urzędowych nazw miejscowości i ich części (Dz.U. z 2013 r. poz. 200)
Tomasz Darmochwał, Marek Jacek Rumiński: Warmia Mazury. Przewodnik, Białystok: Agencja TD, 1996. ISBN 83-902165-0-7, s. 205
Mieczysław Orłowicz: Ilustrowany przewodnik po Mazurach Pruskich i Warmii. Na nowo podali do druku Grzegorz Jasiński, Andrzej Rzempołuch, Robert Traba. Olsztyn: Agencja Wydawnicza "Remix", 1991, s. 301. ISBN 83-900155-0-1.