Hooper wychowywał się w Collaroy na północnych przedmieściach Sydney[6]. Po raz pierwszy zetknął się z rugby w wieku 6 lat, kiedy trafił do szkółki miejscowego klubu Manly Roos[7][8]. początkowo występował na pozycji środkowego ataku, dopiero w grupie do lat 11 został przesunięty do formacji młyna[7]. Ukończył katolickie St Pius X College w pobliskim Chatswood[6][9].
Po wkroczeniu w wiek seniorski Hooper rozpoczął występy w lokalnej drużynie Manly Marlins[10], w której barwach grywał nieregularnie także w późniejszych latach[11][12][13]. Równocześnie, bezpośrednio po zakończeniu nauki w college’u przeniósł się do Canberry, gdzie dołączył do akademii Brumbies[5]. Niemniej po zaledwie kilku miesiącach awansował do pierwszego zespołu rywalizującego w Super 14. W 2010 roku zadebiutował w tych rozgrywkach, zmieniając George’a Smitha w meczu z Chiefs[5][14].
Przez kolejne dwa lata Hooper umacniał swoją pozycję w drużynie, jednak dopiero sezon 2012 można uznać za przełomowy[15]. Wystąpił w 16 spotkaniach Brumbies, w zdecydowanej większości w pierwszym składzie[4][16]. W związku z upływającym kontraktem, zainteresowanie usługami młodego rwacza wykazywały trzy australijskie zespoły – oprócz Brumbies także Waratahs i Western Force[15]. Ostatecznie Hooper zdecydował się na powrót do rodzinnego Sydney i związał się umową z ekipą „Tahs”[17].
Przed sezonem 2014 został mianowany wicekapitanem ekipy z Nowej Południowej Walii[5], a gdy kontuzji doznał kapitan Dave Dennis, w meczu z Reds Hooper przejął jego obowiązki[5][14]. Pod jego wodzą Waratahs sięgnęli po pierwszy w swojej historii tytuł mistrzowski w Super Rugby, pokonawszy w finale Crusaders 33:32[3][18]. W drugiej połowie roku został wyznaczony do gry w drużynie North Harbour Rays, która miała rywalizować w inauguracyjnym sezonieNational Rugby Championship[19], jednak z uwagi na zobowiązania reprezentacyjne nie wystąpił w żadnym spotkaniu rozgrywanym przez Rays[16].
W kolejnym roku wraz z Waratahs Hooper zajął po sezonie zasadniczym pierwsze miejsce w konferencji australijskiej i drugie w zbiorczej tabeli[20]. Niemniej drogę do obrony tytułu zamknęła ekipie z Sydney półfinałowa porażka 17:35 z nowozelandzkimi Highlanders[21]. W lipcu został jedynym tzw. „wiodącym graczem” (ang. marquee player) w barwach North Harbour Rays[22]. Ze względu na udział w Pucharze Świata ponownie ani razu nie pojawił się na boisku w barwach tej drużyny[16].
Hooper (skrajnie z prawej) podczas meczu Pucharu Świata z Anglią (2015)
Kontuzja ramienia odniesiona podczas ostatniego roku spędzonego w szkole uniemożliwiła Australijczykowi występy w reprezentacji U-18[5][14]. W 2010 roku otrzymał pierwsze powołanie do drużyny narodowej do lat 20, jednak z uwagi na uraz kostki musiał opuścić mistrzostwa świata juniorów w Argentynie[5]. Rok później uczestniczył w kolejnej edycji mistrzostw we Włoszech, gdzie „Young Wallabies” w meczu o trzecie miejsce pokonali Francuzów[5][23]. W trakcie występów w kadrze U-20 Hooper pełnił niekiedy rolę kapitana, gdy kontuzjowany był pełniący zazwyczaj tę funkcję Colby Faingaʻa[8].
Po imponujących występach w reprezentacji do lat 20[1] w 2012 roku otrzymał powołanie do pierwszej reprezentacji na serię czerwcowych testmeczów. Zadebiutował jako zmiennik w rozgrywanym w Newcastle spotkaniu ze Szkocją[1][5]. W meczu z Nową Zelandią o Bledisloe Cup trafił do pierwszego składu „Wallabies”, w którym zastąpił kontuzjowanego Davida Pococka[5]. W swoim debiutanckim sezonie w kadrze Hooper rozegrał łącznie aż 13 spotkań[24].
Rok 2013 w drużynie narodowej rozpoczął się od serii spotkań z kombinowanym zespołem British and Irish Lions. Wywodzący się z Sydney zawodnik wystąpił we wszystkich trzech meczach, w tym w dwóch pierwszych w wyjściowym składzie[5]. Kolejna kontuzja Pococka (uszkodzone więzadło krzyżowe) sprawiła, że Hooper wraz z Liamem Gillem przez cały sezon tworzyli w australijskiej reprezentacji niemal nierozłączną parę rwaczy[5]. Wystąpiwszy we wszystkich 15 meczach reprezentacji, kilkakrotnie wybierany był zawodnikiem meczu jak również zostało mu przyznane miano najlepszego zawodnika kończącej rok serii spotkań[5]. Wyrazem uznania był też John Eals Medal, wyróżnienie dla najlepszego australijskiego zawodnika w danym roku[3][25].
Wobec ponownego urazu więzadeł krzyżowych nominalnego kapitana reprezentacji Davida Pococka[26] jego funkcję powierzono Stephenowi Moore'owi, zaś Hooper i Adam Ashley-Cooper zostali jego zastępcami[27]. Kiedy w drugiej minucie pierwszego spotkania sezonu, z Francją Moore również doznał kontuzji, obowiązki kapitana przejął Hooper[28]. Został tym samym 82. kapitanem „Wallabies” i najmłodszym zawodnikiem pełniącym tę funkcję (22 lata 223 dni) od debiutu w tej roli Kena Catchpole’a w 1961 roku[3]. Jak się później okazało, Moore także uszkodził więzadła krzyżowe, co wykluczyło go z gry do końca sezonu, w którego trakcie funkcję kapitana sprawował dużo młodszy Hooper[29].
Na przełomie lipca i sierpnia wraz z australijską kadrą wygrał rozgrywki The Rugby Championship, które z uwagi na zbliżający się Puchar Świata, skrócono do jednej tury[30].
W sierpniu Hooper otrzymał powołanie na rozgrywany w Anglii Puchar Świata[31][32]. Tam Australijczycy dotarli do wielkiego finału, w którym ulegli Nowej Zelandii[33]. W trakcie turnieju wychowanek Manly Roos wystąpił w pięciu meczach, zdobywając jedno przyłożenie[34]. Występy na arenie międzynarodowej zaowocowały nominacją – obok kolegi z trzeciej linii młyna reprezentacji Davida Pococka – do tytułu najlepszego zawodnika na świecie w roku 2015 według World Rugby[35].
Michael jest najmłodszym z rodzeństwa[41]. Jego ojciec, David pochodzi z angielskiego Kentu[41]. Nim w wieku 24 lat przeniósł się do Australii, uprawiał pływanie i piłkę nożną[41]. Zamieszkawszy w Sydney w 1985 roku, zaczął treningi rugby w zespole Manly Marlins[9][41]. W lokalnej lidze występował na pozycji rwacza do 1992 roku[9], przez rok grając także w rugby league w barwach North Sydney Bears[14].
Hooper w 2014 roku uzyskał Advanced Diploma of Management, odpowiednik polskiego tytułu „technika zarządzania”[2]