Zgodnie z tradycją około roku 500 św. Michał Archanioł objawił się w grocie na północ od portu Sipontum (obecnie Manfredonia)[1] i poprowadził jego mieszkańców do zwycięstwa w bitwie z poganami[2]. Współcześnie wydarzenie to jest wiązane ze zwycięstwem połączonych wojsk Sipontu i Benewentu pod dowództwem władcy BenewentuGrimoalda I nad wojskami Cesarstwa Bizantyńskiego[2]. Natomiast na podstawie źródeł pisanych objawienie to można datować na okres przed 714 rokiem[3]. Grota stała się szeroko znana dzięki hagiograficznejLiber de apparitione Sancti Michaelis in Monte Gargano, skompilowanej w Fuldzie około 816 roku[4]. Król Karol I Andegaweński ufundował obecną nawę oraz dzwonnicę[5]. Od 1996 roku sanktuarium opiekują się polscy księża ze zgromadzenia św. Michała Archanioła, potocznie zwani michalitami[6].
Sanktuarium św. Michała Archanioła odwiedziło wielu świętych, papieży oraz głów koronowanych[9], w tym cesarz rzymski Otton III, św. Franciszek z Asyżu[1], który – uważając się za niegodnego – nie wszedł do groty, oraz papież Jan Paweł II[9].
John Charles Arnold. Arcadia Becomes Jerusalem: Angelic Caverns and Shrine Conversion at Monte Gargano. „Speculum”. 75 (3), s. 567–588, 2000. Medieval Academy of America. DOI: 10.2307/2903396. (ang.).