Sua filiação foi debatida entre os historiadores e genealogistas de todos os tempos. Alguns argumentam que era filho natural do rei Garcia da Galiza,[2] embora nunca ele se chama a si mesmo filius regis na documentação. De acordo com Jaime de Salazar y Acha, Fernando foi o filho do conde Garcia Ordonhez e a infanta Urraca Garcés, filha legítima do rei Garcia Sanchez III de Pamplona e a rainha Estefanía de Foix, o que confirmaria a ascendência da casa real pamplonesa que a maioria dos historiadores atribuem à Casa de Castro. O autor apresenta vários argumentos a favor desta filiação, incluindo uma citação do cronista muçulmano Ibn Abu Zar em seu Rawd al-Qirtas: "o emir Ibn al Zand Mazdali Garsis sabia que Ibn al Zand Garsis (filho do conde Garcia) senhor de Guadalajara cerco Medinaceli e foi dirigido contra ele" e evidência-se na documentaçao que Fernando Garcia era o senhor daquela cidade entre 1107 e 1110.[3]
Outro argumento que justifica esta filiação é o fato de que ele tinha um irmão que seria filho ilegítimo, Fernando Garcia chamado "o Menor" que aparece na documentação com o apelido de "Pellica", que parece significar "bastardo", derivado de "pellicatus", isto é, do adultério.[a] De acordo com Salazar e Acha, na dinastia pamplonesa era um hábito típico de colocar a dois irmãos, um bastardo e um legítimo, o mesmo nome, que ainda sustenta sua hipótese sobre a paternidade de Fernando Garcia de Hita[b]
Fernando García de Hita casou pela primeira vez com Trigida Fernandez[1] (morta depois de 1096), data em que ambos fizeram uma doação ao Mosteiro de Sahagún, filha do conde Fernão Gonçalves e Trigida Guterres, filha de Guterre Afonso, conde em Grajal de Campos. Desta união nasceram:
Guterre Fernandes de Castro, esposo de Toda Dias, filha de Diego Sanches e Enderquina Álvarez,[4] não tinha filhos de seu casamento e seus sobrinhos, filhos de seu irmão Rodrigo, herdaram as suas propriedades;
Fernando contraiu um segundo casamento cerca de 1110[6][c] com Estefânia Ermengol, também chamada Estefânia de Urgell, filha do conde Ermengol V de Urgell e a condessa Maria Peres, filha de Pedro Ansúrez.[7][d]
Martim Fernandes de Hita (morto depois de 1143)[8] casado com Elvira, con sucesión. Também foi alcaide de Hita e participou na conquista de Almeria;[10]
[c]^ A 12 novembro 1119, Fernando na carta de arras a sua esposa, declara tibi uxori mee Estefania Ermengoz, comitis Ermegodis filie.
[d]^ Estafânia depois de enviuvar, casou-se novamente com o conde Rodrigo Gonçalez de Lara.
[e]^ O Conde Rodrigo Martinez, filho do conde Martín Flaínez, a 21 de novembro de 1129 da carta de arras a sua esposa UrracaFernandi Garcie et infantisse domine Steppahnie filie.
[f]^ Em 1139, seu irmão Pedro doou sua propriedade em Villamayor ao Mosteiro de San Vicente, exceto a parte que deixou a seu irmão Garci Fernandez.
Canal Sánchez-Pagín, José María (1984). «Don Pedro Fernández, primer maestre de la Orden Militar de Santiago: Su familia, su vida». Madrid: Consejo Superior de Investigaciones Científicas, CSIC: Institución Milá y Fontanals. Departamento de Estudios Medievales. Anuario de Estudios Medievales (em espanhol). 14: 33-72. ISSN0066-5061
Salazar y Acha, Jaime de (1991). «El linaje castellano de Castro en el siglo XII: Consideraciones e hipótesis sobre su origen». Anales de la Real Academia Matritense de Heráldica (em espanhol) (1): 33-68. ISSN1133-1240
Torres Sevilla-Quiñones de León, Margarita Cecilia (1999). Linajes nobiliarios de León y Castilla: Siglos IX-XIII (em espanhol). Salamanca: Junta de Castilla y León, Consejería de educación y cultura. ISBN84-7846-781-5
Ubieto Arteta, Antonio (1976). Cartulario de San Millán de la Cogolla (759-1076) (em espanhol). Zaragoza: Anubar Ediciones. ISBN84-7013-082-X