Gene Wiki

O projeto Gene Wiki é um projeto dentro da Wikipedia e do Wikidata que visa descrever as relações e funções de todos os genes humanos. Foi estabelecido para transferir informações de recursos científicos para artigos de esboço da Wikipedia.^[1]^[2]^[3]

O projeto Gene Wiki também iniciou a publicação de artigos de revisão específicos do gene no jornal Gene, junto com a edição das páginas específicas do gene na Wikipedia.^[4]

Objetivos e escopo do projeto

Número de artigos de gene

O genoma humano contém cerca de 20.000–25.000 genes codificadores de proteínas.^[5] O objetivo do projeto Gene Wiki é criar artigos iniciais na Wikipédia em ingles para cada gene humano notável, ou seja, cada gene cuja função foi atribuída na literatura científica revisada por pares. Aproximadamente metade dos genes humanos têm funções atribuídas, portanto, espera-se que o número total de artigos semeados pelo projeto Gene Wiki esteja na faixa de 10.000-15.000. Até o momento, aproximadamente 11.000 artigos foram criados ou aumentados para incluir o conteúdo do projeto Gene Wiki.^[6]

Expansão

Uma vez que os artigos iniciais tenham sido estabelecidos, a esperança e a expectativa é que eles sejam anotados e expandidos por editores que variam em experiência, desde o público leigo a estudantes a profissionais e acadêmicos.^[1]

Proteínas codificadas por genes

A maioria dos genes codifica proteínas, portanto, a compreensão da função de um gene geralmente requer a compreensão da função da proteína correspondente. Além de incluir informações básicas sobre o gene, o projeto também inclui informações sobre a proteína codificada pelo gene.

Conteúdo gerado pelo Gene Wiki

Stubs para o projeto Gene Wiki são criados por um bot e contêm links para os seguintes bancos de dados primários de genes / proteínas:

Comitê de Nomenclatura de Genes HUGO - nome oficial do gene
Entrez - banco de dados de genes
OMIM (Mendelian Inheritance in Man) - banco de dados que cataloga todas as doenças conhecidas com um componente genético
Amigo - Gene Ontology
HomoloGene - homólogos de genes em outras espécies
SymAtlasRNA - padrão de expressão gênica em tecidos^[7]
Protein Data Bank - estrutura 3D da proteína codificada pelo gene
UniProt (uni versal prot ein recurso) - um repositório central de dados de proteínas

Resposta

Um relatório descobriu que, entre 2013 e 2017, o conteúdo com o qual Gene Wiki contribuiu para a Wikipedia teve desenvolvimento crowdsourced ao longo do tempo.^[8]

Referências

↑ ^a ^b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (Julho de 2008). «A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function». PLoS Biol. 6: e175. PMC 2443188. PMID 18613750. doi:10.1371/journal.pbio.0060175
↑ «SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function». Consultado em 19 de novembro de 2008. Cópia arquivada em 24 de julho de 2010
↑ Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Janeiro de 2010). «The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation». Nucleic Acids Res. 38: D633–9. PMC 2808918. PMID 19755503. doi:10.1093/nar/gkp760
↑ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 de maio de 2016). «Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome.». Gene. 592: 235–8. PMC 5944608. PMID 27150585. doi:10.1016/j.gene.2016.04.053
↑ Clamp M; Fry B; Fry B; Kamal M; Xie X; Cuff J; Lin MF; Kellis M; Lindblad-Toh KLander ES (Dezembro de 2007). «Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104: 19428–33. PMC 2148306. PMID 18040051. doi:10.1073/pnas.0709013104
↑ «Gene Wiki Pages». Pages that link to {{PBB}}. Wikipedia, the free encyclopedia. Consultado em 27 de janeiro de 2015
↑ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (Abril de 2004). «A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101: 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101.6062S. PMC 395923. PMID 15075390. doi:10.1073/pnas.0400782101
↑ Zinovyev, Andrei; Czerwinska, Urszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M.; Shepelyansky, Dima L.; Rzhetsky, Andrey (18 de fevereiro de 2020). «Collective intelligence defines biological functions in Wikipedia as communities in the hidden protein connection network». PLOS Computational Biology. 16: e1007652. doi:10.1371/journal.pcbi.1007652

Ligações externas

Spagat E (9 de julho de 2008). «: Edit your DNA: 'Gene wiki' to debut on Wikipedia». The Associated Press (in ABC News. Consultado em 29 de setembro de 2011
McKenney AS (8 de julho de 2008). «Archiving Information About The Human Genome Using Wikipedia». IT / Internet / E-mail News. Medical News Today. Consultado em 19 de julho de 2008
Tay L (10 de julho de 2008). «Wikipedia hosts human gene repository». iTnews Australia. Haymarket Media. Consultado em 19 de julho de 2008. Cópia arquivada em 13 de julho de 2008
Mitch Waldrop (3 de setembro de 2008). «Big data: Wikiomics». Nature. pp. 22–25

[pmid18613750-1] Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (Julho de 2008). «A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function». PLoS Biol. 6: e175. PMC 2443188. PMID 18613750. doi:10.1371/journal.pbio.0060175

[SciVee_Pubcast-2] «SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function». Consultado em 19 de novembro de 2008. Cópia arquivada em 24 de julho de 2010

[pmid19755503-3] Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Janeiro de 2010). «The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation». Nucleic Acids Res. 38: D633–9. PMC 2808918. PMID 19755503. doi:10.1093/nar/gkp760

[4] Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 de maio de 2016). «Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome.». Gene. 592: 235–8. PMC 5944608. PMID 27150585. doi:10.1016/j.gene.2016.04.053

[pmid18040051-5] Clamp M; Fry B; Fry B; Kamal M; Xie X; Cuff J; Lin MF; Kellis M; Lindblad-Toh KLander ES (Dezembro de 2007). «Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104: 19428–33. PMC 2148306. PMID 18040051. doi:10.1073/pnas.0709013104

[Gene_Wiki_Pages-6] «Gene Wiki Pages». Pages that link to {{PBB}}. Wikipedia, the free encyclopedia. Consultado em 27 de janeiro de 2015

[pmid15075390-7] Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (Abril de 2004). «A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101: 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101.6062S. PMC 395923. PMID 15075390. doi:10.1073/pnas.0400782101

[Zinovyev_2020-8] Zinovyev, Andrei; Czerwinska, Urszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M.; Shepelyansky, Dima L.; Rzhetsky, Andrey (18 de fevereiro de 2020). «Collective intelligence defines biological functions in Wikipedia as communities in the hidden protein connection network». PLOS Computational Biology. 16: e1007652. doi:10.1371/journal.pcbi.1007652

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