Homonímia, segundo o Código é a identidade de grafia de nomes disponíveis que designam diferentes táxons do grupo da espécie dentro do mesmo gênero ou táxons objetivamente diferentes dentro do grupo do gênero ou do grupo da família. Os adjetivos "sênior" e "júnior" aplicam-se, respectivamente, ao primeiro e ao último dentre dois homônimos. Pela Lei da Homonímia qualquer nome que for homônimo júnior de um nome disponível deve ser rejeitado e substituído. Sendo assim, o homônimo sênior constitui o nome válido para o táxon e o homônimo júnior o nome substituído. Em casos que o homônimo sênior seja arcaico e não predominantemente utilizado, é possível declará-lo um nomen oblitum, invalidando-o, enquanto o homônimo júnior é preservado como um nomen protectum.
Exemplos de homônimos:
Ambos os Códigos (Botânico, Zoológico e Bacteriológico) somente consideram os táxons regidos no seu respectivo escopo. Nesse caso se um animal tiver o mesmo nome que uma planta, ambos são considerados válidos. Exemplos, Dracaena um gênero da família Teiidae e Dracaena um gênero botânico da família Agavaceae; Erica um gênero de aracnídeos e Erica um gênero de plantas da família Ericaceae.