A povoação de Porto Judeu foi elevada à categoria de vila em 2016.[3] A vila de Porto Judeu também foi designada por Vila de São Sebastião-Porto (do) Judeu e por Vila de Porto Judeu [carece de fontes?].
Desconhece-se a data de criação da freguesia, primitivamente denominada como Porto Judeu de Santo António e também de Porto do Judeu. Segundo a tradição, aqui terão desembarcado os primeiros povoadores da Terceira. Entre as lendas mais conhecidas que buscam justificar a toponímia, refere-se que Jácome de Bruges, primeiro capitão do donatário, aqui terá desembarcado a 1 de Janeiro, premido pelo mau tempo e pela necessidade de abrigo naquela data. Como a enseada do porto é de pequenas dimensões, não oferendo grandes condições de abrigo, e por naquele tempo chamar-se de "judeu" a tudo que fosse mau, afirma-se que o ancoradouro foi por essa razão chamado de Porto Judeu. Outra tradição local, pretende que, com Jácome de Bruges vinha um Judeu, e que entre ambos, no momento do desembarque, terá se travado o seguinte diálogo:
Jácome Bruges: "- Salta, judeu, senão salto eu."
Judeu: "Salto e o porto será meu."
Embora não tenham chegado até nós fontes documentais sobre a fundação da freguesia, a informação do povoamento coevo ao da ilha é confirmada pelo fato da construção da igreja paroquial ser anterior a 1470.
O povoado foi estabelecido em sesmaria recebida do capitão do donatário pelo senador João Coelho, filho de Pêro Coelho, conselheiro de Afonso IV de Portugal, um dos implicados no assassinato de Inês de Castro. João Coelho acompanhava Jácome de Bruges na sua segunda viagem à Terceira, mas não se fixou na ilha, tendo partido em outras conquistas. Os 32 moios de terra que recebeu foram, em pouco tempo, passados pelos seus familiares e, do que sobrou, constituiu-se a freguesia. O seu sobrenome sobreviveu na toponímia, na chamada ponta dos Coelhos, que se estende do pico do Refugo até à Salga.
A povoação de Porto Judeu foi elevada à categoria de Vila por Carta-Régia de D. Manuel I, datada de 12 de Fevereiro de 1502, estatuto revogado no ano seguinte quando da elevação do lugar da Ribeira de Frei João a Vila de São Sebastião (1503) e sede de concelho, em carta não executada. A criação deste dividia a Terceira em três partes, separando Angra e a Praia de um lado ao outro da ilha e ficando o Porto Judeu adstrito à Vila de São Sebastião até 1870, quando passou a integrar o concelho de Angra do Heroísmo.
1471 – data indicada como possível para o fundação do Porto Judeu, embora não tenham chegado até ao presente fontes documentais sobre a fundação da freguesia, a informação do povoamento do local ser coevo ao da ilha é confirmada pelo fato da construção da igreja paroquial ser anterior a 1470.
1502 – 12 de fevereiro – Elevação a vila da freguesia do Porto Judeu por Carta-Régia do rei D. Manuel I de Portugal. Veio a perder este estatuto no ano seguinte com a elevação ao mesmo estatuto da Vila de São Sebastião.
1581 - 25 de Julho – Trava-se a Batalha da Salga entre a força de desembarque castelhana e as forças portuguesas, em nome de D. António I de Portugal, durante crise de sucessão de 1580.
1893 – 26 de janeiro – Apesar de já antes desta data se saber da existência do Algar do Carvão, sé agora é feita a primeira descida a esta formação geológica com a simples utilização de uma corda, levada a cabo por Cândido Corvelo e José Luís Sequeira.
1893 - 28 de agosto – Um furacão, o maior de que há memória desde que há registos históricos nos Açores, causa grandes estragos no Porto Judeu, principalmente na localidade do Refugo e na zona do Porto.
1889 – Construção da capela da Senhora da Conceição e da capela do Sagrado Coração de Jesus, na Igreja Paroquial de Santo António do Porto Judeu, cuja data da construção iniciar é desconhecida.
1963 – 18 de agosto – Nesta data foram feitas as primeiras descidas organizadas ao Algar do Carvão, por um grupo de entusiastas que se viriam a constituir na Associação Espeleologica “Os Montanheiros”.
2005 – 15 de fevereiro – o Decreto Regulamentar Regional n.º 1/2005/A do Governo Regional dos Açores, classifica a Baía do Refugo, Porto Judeu, como zona balnear do tipo 1, enquadrando-se nas zonas equipadas com uso intensivo, adjacentes ou não a aglomerados urbanos.[9]