Visual Molecular Dynamics


VMD
Screenshot of VMD 1.8.3
Desenvolvedor Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
Lançamento 1991
Versão estável 1.9.2 (01 dezembro 2014; 3797 dias)
Escrito em C, C++
Sistema operacional Unix, OS X, Windows
Gênero(s) Modelagem molecular
Licença licença VMD
Página oficial www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

O Visual molecular dynamics (VMD) é um programa de computador para modelagem molecular e visualização.[1] VMD é desenvolvido principalmente como uma ferramenta para visualização e análise dos resultados de simulações de dinâmica molecular, mas também inclui ferramentas para trabalhar com dados volumétricos, dados de sequência e objetos gráficos arbitrários. Cenas moleculares podem ser exportadas para ferramentas de renderização externas, como o POV-Ray, RenderMan, Tachyon, VRML, e muitas outras. Os usuários podem executar seus próprios scripts Tcl e Python dentro do VMD já que este inclui embutidos interpretadores Tcl e Python. O VMD é executado em Unix, Mac OS X e Microsoft Windows.[2] O VMD está disponível para usuários não-comerciais, em uma licença específica da distribuição que permite tanto o uso do programa e modificação do seu código fonte, sem nenhum custo.[3]

História

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Gráficos moleculares do Vírus Satélite do Mosaico do Tabaco produzidos em VMD e renderizados usando Tachyon. A cena é mostrada com uma combinação de superfícies coloridas moleculares por uma distância radial, e ácidos nucleicos mostrados nas representações da fita. A renderização Tachyon usa tanto a iluminação direta quanto a de oclusão de ambiente para melhorar a visibilidade dos bolsos e cavidades. Os eixos VMD são mostrados como um exemplo simples de renderização de geometria não-molecular.

O VMD foi desenvolvido sob a égide do investigador principal Klaus Schulten no grupo de Biofísica Teórica e Computacional do Beckman Institute na Universidade de Illinois em Urbana-Champaign.[4][5] Um programa precursor, chamado VRChem, foi desenvolvido em 1992 por Mike Krogh, William Humphrey, e Rick Kufrin. A versão inicial do VMD foi escrita por William Humphrey, Andrew Dalke, Ken Hamer, Jon Sanguessuga, e James Phillips.[6] Foi lançada em 1995.[6][7] As primeiras versões de VMD foram desenvolvidos para estações de trabalho Silicon Graphics e poderiam também ser executadas na CAVE e comunicar com uma simulação NAMD.[1]

Ligações externas

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Referências

  1. ↑ a b Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus (Fevereiro de 1996). «VMD: Visual molecular dynamics». Journal of Molecular Graphics. 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. Consultado em 4 de janeiro de 2016 
  2. ↑ «VMD User's Guide Version 1.9.1» (PDF). NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. Consultado em 5 de março de 2016 
  3. ↑ «VMD License». NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics University of Illinois at Urbana-Champaign. Consultado em 5 de março de 2016 
  4. ↑ Schulten, Klaus. «Department of Health and Human Services Public Health Service National Institutes of Health NIH Resource Biomedical Research Technology Program Annual Progress Report, Grant Number P41 RR05969» (PDF). Consultado em 5 de janeiro de 2016 
  5. ↑ Schulten, Klaus J. «Department of Health and Human Services Public Health Service National Institutes of Health National Center for Research Resources Biomedical Technology Area Annual Progress Report (8/1/10 – 7/31/11), Grant Number P41RR005969» (PDF). Consultado em 5 de janeiro de 2016 
  6. ↑ a b «VMD Release History». NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics University of Illinois at Urbana-Champaign. Consultado em 8 de março de 2016 
  7. ↑ Bishop, Tom Connor (4 de julho de 1995). «Announcing the Program VMD, Version 1.0». CCL.Net