Gunnison s-a născut în anul 1812 în Goshen, New Hampshire. A absolvit școala militară la West Point în 1837, pe locul al doilea în promoția sa, formată din cincizeci de cadeți. Cariera să militară a început-o în Florida, unde a fost un an în campania militară împotrivă indienilor seminoli. Datorită sănătății sale precare el a fost mutat la Corpul de Ingineri topografi. Inițial el a explorat în căutarea rutelor acesibile, zonele necunoscute din Florida.
Din 1841-1849 Gunnison explorat zona din jurul Marilor Lacuri. El a explorat regiunea de graniță dintre Wisconsin și Michigan, coasta de vest a lacului Michigan, și coasta Lacului Erie. La data de 9 mai 1846 a fost promovat la gradul de locotenent.
În primăvara anului 1849 Gunnison a fost desemnat ca vice comandant în expediția Stansbury Howard, pentru a explora și studia Valea Great, Salt Lake. Iarna au condiții fost deosebit de grele, fiind imposibil membrilor expediției de a părăsi valea. Gunnison a profitat de ocazie să se împrietenească cu unii mormonii și a început studiul Bisericii lui Isus Hristos a Sfinților din Zilele din Urmă (după religia mormonă). După reîntoarcere în Washington, DC, a scris o carte intitulată "Mormonii sau Zilele Sfinților din Urmă, din Valea Salt Lake Great".
Gunnison a revenit la Marile Lacuri și între anii 1852-1853, a cartografiat zona Green Bay, fiind promovat la 3 martie 1853 la gradul de căpitan.
Beckwith, E.G.; Gunnison, J.W. (1856). Report of explorations for a route for the Pacific railroad: near the 38th and 39th parallels of north latitude : from the mouth of the Kansas River, Mo., to the Sevier Lake, in the Great Basin. Washington [D.C.]: War Dept.. OCLC 8497072. http://name.umdl.umich.edu/AFK4383.0002.001.
Gunnison, J. W.; William Gilpin (1859). Guide to the Kansas gold mines at Pike's Peak, describing the routes, camping places, tools, outfits, etc.. Cincinnati: E. Mendenhall. OCLC 14140433.
Gunnison, J. W. (Lieut.) (1852). The Mormons, or, Latter-day saints, in the valley of the Great Salt Lake: a history of their rise and progress, peculiar doctrines, present condition, and prospects, derived from personal observation: during a residence among them.. Philadelphia: J.B. Lippincott & Co. OCLC 14155212. http://www.archive.org/details/orlatterdmormons00gunnrich. Retrieved 2008-09-07.
Gunnison, John Williams (1832). Papers of J. W. Gunnison. OCLC 122382994. (Housed at The Huntington Library in San Mateo, CA)
Gunnison, John Williams (1841). U.S. Lake Survey payrolls and reports. OCLC 145786406. (Housed at The Wisconsin Historical Society in Madison, WI on the campus of the University of Wisconsin–Madison )
Stansbury, Howard; John Williams Gunnison; Carrington, Albert; Hudson, John (1849). Stansbury Survey diaries. United States. Army. Corps of Topographical Engineers. OCLC 215072134. (Housed at the University of California, Berkeley Library in Berkley, CA)
United States; Henry, J.; Baird, S.F. (1855). Reports of explorations and surveys to ascertain the most practicable and economical route for a railroad from the Mississippi River to the Pacific Ocean. Washington [D.C.]: B. Tucker, printer. OCLC 10526736.
Fielding, Robert Kent (1992). The Unsolicited Chronicler: An Account Of The Gunnison Massacre, Its Causes And Consequences. Brookline, Mass: Paradigm Publications. ISBN 0-912111-38-0.
Mumey, Nolie; Schiel, Jacob Heinrich Wilhelm (1955). John Williams Gunnison (1812-1853), the last of the western explorers. Denver: Artcraft Press. OCLC 1964928.
Schiel, James (1957). The land between: Dr. James Schiel's account of the Gunnison-Beckwith expedition into the West, 1853-1854.. Great West and Indian series, v.9. Los Angeles: Westernlore Press. pp. 1. OCLC 1831916.
Young, Brigham (1857). "Declaration of Martial Law" - Territory of Utah.