Вернике изучал флейту, композицию, дирижирование в консерватории в Брауншвейге и сценографию в Мюнхенской академии художеств. Изначально работал художником по декорациям и костюмам в Ландсхуте и Вуппертале. Свою первую постановку — оперу «Валтасар» Генделя — осуществил в Дармштадте в 1978 году. Большая часть творческой биографии Вернике связана с Базельским театром, в этом городе он жил с 1990 года. Вернике также работал над постановками для крупных оперных театров Европы и Америки. Он входил в число немногих современных оперных режиссёров, кто регулярно приглашался для работы на Зальцбургском фестивале. Работая с традиционным сюжетом, Вернике насыщал его приметами настоящего и недавнего прошлого. Опера, в его постановках, оставаясь произведением элитарного искусства, становилась демократичной и понятной более широкой публике[1].
16 апреля 2002 года Вернике скоропостижно скончался в возрасте 56 лет после непродолжительной тяжелой болезни в больнице Базеля. 5 мая 2002 года в Базельском театре состоялась премьера оратории Генделя «Израиль в Египте» в фрагментах, последней, незавершенной постановки Вернике. Похоронен на кладбище в Ауггене.