Исторические свидетельства дают основание утверждать, что, начиная со II века до н. э., протомонгольские народы (хунну, сяньби, кидани) были знакомы с буддизмом[1]. На территории Иволгинского городища в хуннском захоронении найдены остатки буддийских чёток.
В начале XVII века тибетский буддизм из Монголии проник на север к бурятскому населению Забайкалья. Первоначально был распространён среди этнических групп, вышедших незадолго до этого из Халхи — цонголов, сартулов, хатагинов; в конце XVII — начале XVIII века буддизм распространился на территории всего Забайкалья. Вторая линия пришла непосредственно из Тибета, из монастыря Лабранг Трашикьил.
В 1741 году императрица Елизавета Петровна узаконила существование 11-ти дацанов и 150-ти лам (в июле 1991 года буддисты Бурятии отметили 250-ти летие официального признания их религии в России). Длительное время в бурятском буддизме шла борьба за главенство между Цонгольским и Гусиноозёрским дацанами. В 1764 году главный лама старейшего в Бурятии Цонгольского дацана стал Верховным ламой бурят Забайкалья, получив титул Пандито Хамбо-лама («учёный-настоятель»). С 1809 года главенство перешло к настоятелям (шэрээтэ) Гусиноозёрского дацана. В конце XIX века началось интенсивное проникновение буддизма в Предбайкалье — Северную Бурятию, где встретил ожесточённое сопротивление со стороны шаманов и православных миссионеров. До Октябрьской революции 1917 года в Бурятии функционировало 46 дацанов, приходы которых были в основном организованы по территориально-родовому принципу.
В 1920-х годах часть бурят переселилась из Забайкалья (в основном из Аги) во Внутреннюю Монголию (местность Шэнэхэн) и продолжила там собственные буддийские традиции в дополнение к тем, что уже существовали в этом регионе.
В 1727 году была проведена граница между империей Цин и Россией. Бурятские племена, проживавшие и кочующие в северной части Монголии вошли в состав России. Перекрыв границы и добившись относительной оседлости кочевников-бурят, российское правительство решило принять определённые решения по вероисповедным делам.
В конце 1730-х — начале 1740-х годов был построен первый стационарный (Цонгольский) дацан.
В 1741 году императрица Елизавета Петровна приняла Указ, по которому признавалось существование «ламайской веры» и утверждалось количество дацанов (11) и количество штатных лам (150). Буддизм был официально принят в качестве одной из государственных религий в Российской империи.
В 1810 году был основан Иройский дацан. В первой трети XIX в. было построено 10 сумэ (буддийских храмов): Найдан (1813), Дамчок (1815), Шакьямуни (1829), Оточи (1817), Аюши (1814), Дара Эхэ (1830), Номун Сахюусан (1817), Минтунгба (1828), Вирозама (1827) и Арьябала (1830).
К 1846 году в Бурятии было выстроено уже 34 дацана. Затрачивая массу усилий и материальных средств, буряты сумели импортировать из Тибета, Китая, Монголии большое количество сокровенной литературы и перенять многие живые традиции как господствующей школы Гелуг, так и других направлений буддизма.
В 1869 году в Цугольском дацане, под руководством монгольского ламы Чой-манрамбы, началось изучение индо-тибетской медицины, которое затем распространилось и в других местах.
В 1878 году в Агинском дацане была основана школа Дуйнхор (Калачакры), чем и завершилось построение основных направлений высшего духовного образования по тибетскому образцу.
Быстро развивалось книгопечатание; в 1887 году действовало уже 29 типографий, которые до их разрушений в 1930-е годы успели издать около 2000 названий книг на тибетском и монгольском языках.
В конце XIX — начале XX века в бурятском буддизме началось мощное обновленческое движение, получившее дальнейшее развитие после установления в Бурятии Советской власти.
В 1918 году вышел декрет, отделивший церковь от государства. В Бурятии действие закона началось с 1925 года. С этих пор антирелигиозная политика Коммунистической партии была направлена на форсированное уничтожение духовной культуры народов России, в том числе буддийской культуры бурят. Веками созданные и накопленные духовные ценности были разрушены и уничтожены за короткий период. Из сорока семи действующих дацанов и дуганов в начале века практически ничего не сохранилось. 1864 высокообразованных учёных-лам были отправлены в тюрьмы, ссылки, на каторжные работы, сотни расстреляны.[источник не указан 3689 дней]
В 1991 году при Иволгинском дацане был открыт Буддийский институт «Даши Чойнхорлин», религиозное высшее учебное заведение для подготовки кадров священнослужителей, преподавателей, переводчиков канонических текстов, художников-иконописцев. Процесс образования проводится по системе монастырского образования традиции Гоман-дацана тибетского монастыря Дрепунг.
В 1991 году число действующих дацанов в Бурятии достигло 12.
Буддизм в Бурятии является самым северным ответвлением центрально-азиатской культурно-исторической вариации буддизма Махаяны, сформировавшейся в Тибете в конце XIV — начале XV веков и получившей название Гелугпа (Гелуг, хотя есть сведения и о влиянии традиции Ньингма). Основатель этой школы Дже Цонкапа (бур.Зонхобо, Зонхава) почитается последователями буддийской религиозной традиции в Бурятии наравне с основателем Учения — Буддой Шакьямуни. Последователи Гелугпа в Бурятии предпочитают употреблять либо это самоназвание школы, либо общий термин «учение Будды», «махаянское учение», подчеркивая тем самым отсутствие в тибетском буддизме принципиальных различий с учением буддизма Махаяны.
Отличия от других школ проявляются в бурятском буддизме в основном в культовой системе, в обрядности и магической практике и обусловлены влиянием традиционных, более древних и архаичных верований, культов, обрядов тибетцев и бурят. В частности, в культовую систему были введены и приспособлены народные обряды, ритуалы и верования, связанные с культом обо, почитанием духов земли, гор, рек, деревьев.
В религиозной практике монахов большую роль играют методы тантрического происхождения, образующие основу буддизма Ваджраяны. Также особую роль в «спасении» верующих от страданий Сансары играет учитель-наставник (лама), решающее же значение придаётся личному морально-психологическому самосовершенствованию верующего с помощью тантрической практики, йогического созерцания и других эзотерических методов, позволяющих освободиться от причинно-следственной зависимости закона кармы (но всё же непременно под руководством учителя).
В философском, психологическом и этическом учении бурятского буддизма нет серьёзных отличий от фундаментальных положений буддизма Махаяны, изложенных в тибетском варианте буддийского канона — Кэнгьюр (бур.Ганжуур) (108 томов) и Тэнгьюр (бур.Данжуур) (225 томов).
Буддизм оказал мощное позитивное влияние на развитие традиционной науки и культуры бурят-монголов. Особенно сильным и плодотворным было его воздействие на формирование и развитие философской мысли, норм нравственного поведения, медицины, художественной литературы, изобразительного искусства и кулинарии.
Из огромного количества различных культовых отправлений обрядового комплекса в бурятских дацанах в настоящее время отмечаются шесть больших хуралов:
Ванчикова Ц. П.К вопросу об источниках по истории буддизма в Бурятии // Мир буддийской культуры: духовное наследие и современность : материалы международной конференции (7-8 сентября 2006 г.) / Адм. Агин. Бурят. авт. округа и др.. — Улан-Удэ, 2006. — С. 10—17.
Ванчикова Ц. П., Чимитдоржин Д. Г. История буддизма в Бурятии: 1945—2000 гг. Ин-т монголоведения, буддологии и тибетологии СО РАН, Иволгинский дацан; ред.: Л. Л. Абаева, С. Ю. Лепехов, Д. Д. Очирова. — Улан-Удэ: Изд-во БНЦ СО РАН, 2006. — 147 с.
Жамсуева Д. С. Трансформация северного буддизма в условиях российского общества: (по материалам дацанов этнической Бурятии). — Иркутск: Оттиск, 2016. — 231 с. — ISBN 978-5-9909344-2-9.
Жуковская Н. Л. Возрождение буддизма в Бурятии: проблемы и перспективы. — М.: ИЭА РАН, 1997. — 24 с. — (Исследования по прикладной и неотложной этнологии № 104). — ISBN 5-201-13711-3.
Цыремпилов Н. В. Буддизм и империя: бурятская буддийская община в России (XVIII — нач. XX в.) / отв. ред. Б. В. Базаров; Учреждение Рос. академии наук, Ин-т монголоведения, буддологии и тибетологии Сиб. отд-ния РАН. — Улан-Удэ: ИМБТ СО РАН, 2013. — 338 с.
Чимитдоржин Д. Г. Буддизм в Бурятии 1945—2004 / Иволгинский дацан БТСР. — Изд. перераб. и доп. — Улан-Удэ: Бутэг, 2007. — 185 с.
Буддизм в Бурятии: истоки, история, современность: материалы конференции 23-24 июня 2001 г., Тамчинский дацан / Ин-т монголоведения, буддологии и тибетологии СО РАН, Науч.- произв. центр истории и культуры М-ва культуры РБ ; отв. ред. С. П. Нестеркин. — Улан-Удэ: Изд-во БНЦ СО РАН, 2002. — 194 с.
Буддизм в истории и культуре бурят: коллективная монография / под ред. И. Р. Гарри. — Улан-Удэ: Буряад-Монгол Ном, 2014. — ISBN 978-5-9905883-0-1.
Земля Ваджрапани. Буддизм в Забайкалье: науч. изд. / сост. и науч. ред. Ц. П. Ванчикова; рук. проекта Б. Б. Жамсуев; под общ. ред. П. С. Вайшрамана; Адм. Агин. Бурят. авт. окр.. — М.: Изд-во Феория, 2008. — 359 с.