Входит в тройку крупнейших компаний российского рынка речных круизов[6], на 2018 год охватывавших 80 % пассажиропотока[7]. По результатам исследования, проведённого изданием Cruise Market Report в 2020 году, компания «Водоходъ» занимает первое место в России с 33,8 % долей рынка[8] и третье — в Европе[9]. В 2022 году доля «Водохода» в общем пассажиропотоке внутри страны составила около 37,5 %[10].
Предшественником компании «Водоходъ» является туристический оператор ООО «Волга-Флот-Тур», созданный в 1999 году как дочернее предприятие Волжского пароходства[11]. В 2001 был открыт московский филиал компании «Волга-Флот-Тур», которая организовывала речные круизы для российских и зарубежных туристов. В 2004 московский филиал ООО «Волга-Флот-Тур» был преобразован в самостоятельную компанию ООО «ВодоходЪ»[12], впоследствии объединившую в себе три подразделения Волжского пароходства: «Водоходъ-Санкт-Петербург», самарский филиал «Волга-Флот-Тур» и центральный офис нижегородского «Волга-Флот-Тур Центр».
В 2008 году предприниматель Владимир Лисин приобрел 80 % акций материнской компании Volgo-Balt Transport Holding (VBTH), которая вошла в состав его транспортного холдинга Universal Cargo Logistics Holding (UCL Holding)[13].
В 2011 году была произведена реорганизация UCL Holding[14]: ООО «Волга-Флот-Тур» и ООО «Водоходъ-Санкт-Петербург» были присоединены к ООО «Водоходъ»[15]. В 2011—2012 годах весь круизный флот Волжского пароходства перешёл в собственность ООО «Водоходъ»[16], благодаря чему туристический оператор речных круизов стал крупнейшей судоходной компанией России, осуществляющей речные круизные перевозки пассажиров[4].
В 2017 произошло разделения активов VBTH между собственниками. Владимир Лисин консолидировал 100 % акций холдинга, передав в обмен миноритариям, Ришату Багаутдинову и Владимиру Касьяненко, компанию ООО «ВодоходЪ»[17]. С этого момента «Водоходъ» расширяет географию круизных маршрутов на теплоходах и пассажирских перевозок малым водным транспортом, планомерно занимается переоборудованием и модернизацией теплоходов, строительством судов нового поколения, внедрением в речную отрасль инновационных технологий. На 2023 год штат компании насчитывает около 3000 человек[12].
В 2017 году по заказу компании «Водоходъ» на заводе «Красное Сормово» был заложен теплоход класса «река-море» проекта PV300, разработанного компанией «Морское инженерное бюро — СПб», в рамках ФЦП «Развитие гражданской морской техники»[18]. Это первое пассажирское судно, построенное на российской верфи за 60 лет. Четырёхпалубный лайнер был спущен на воду 11 сентября 2019 года и получил название «Мустай Карим»[19][20]. Судно рассчитано на 342 пассажира[21]. Первых пассажиров «Мустай Карим» принял на борт в 2020 году.
10 февраля 2022 года на лёд Байкала было спущено экспедиционное судно на воздушной подушке (СВП) «Бирюса», построенное на ООО «Судоверфь Парящие машины» (ПарМа) в Ленинградской области по заказу компании «Водоходъ» для круглогодичной работы с туристами на Байкале[25].
«Водоходъ» реализует несколько проектов по развитию речного флота на электрической тяге и внедряет систему экологичных пассажирских перевозок[26][27]. 29 сентября 2022 года в Красноярск прибыл первый пассажирский катамаран компании на электродвижении «ЭкоходЪ» для регулярных пассажирских перевозок и туристических прогулок по реке Енисей[28]. Двухпалубный катамаран был построен для региона по заказу дочерней компании АО «Водоходъ. Пассажирский Порт» на верфи судостроительной компании «Эмпериум» в Ленинградской области (входит в АО «Ситроникс»)[29].
С 2023 года АО «Водоходъ. Пассажирский Порт» в рамках 15-летнего контракта с ГКУ «Организатор перевозок» города Москвы организует на электросудах круглогодичные пассажирские перевозки по Москве-реке[30].
Компания «Водоходъ» совместно с аффилированными предприятиями АО «Водоходъ. Пассажирский Порт» и ООО «Водоходъ экспресс» занимается туристическими и пассажирскими перевозками водным транспортом (лицензия Минтранса МР-2 № 000040), разрабатывает и реализует речные, морские, экспедиционные круизы и прогулки (реестровый номер туроператора РТО 002057). По собственным данным, компания ежегодно обслуживает около 120 тысяч туристов, отдыхающих в круизах, и перевозит около 340 тысяч пассажиров прогулочным и скоростным флотом[31].
1981, ранее «Михаил Калинин», горел 3—4 ноября 2007 года во время плановых доковых ремонтных работ на территории СРЗ в посёлке Октябрьский в Борском районе Нижегородской области[39]
В 2021, 2022 и 2023 годах компания «Водоходъ» становилась лауреатом конкурса «Лидер отрасли», ежегодно проводимого Федеральным агентством морского и речного транспорта (Росморречфлот). В конкурсе компания одерживала победы в номинации «Судоходная компания, осуществляющая речные перевозки пассажиров (круизные)»[44][45].
↑Дунь Г. В. Тенденции на рынке речных круизов в России // Синергия наук. — 2017. — № 14. — С. 186—194.
↑Легостаева Н.В. Котов С.А. Проблемы и перспективы инвестиционного развития речного круизного судоходства в России // Транспортное дело России. — 2018. — № 6. — С. 105—107.
↑ 12Комаров К.«На утюг похожий». Как устроен новейший российский теплоход (неопр.). Известия (20 сентября 2020). — Что предлагает пассажирам новая гордость отечественного судостроения. Дата обращения: 20 февраля 2021. Архивировано 1 марта 2021 года.
↑Репин А., Викулова А.«Мустай Карим» отправился на север. «Красное Сормово» передало заказчику первый круизный лайнер (неопр.) (4 августа 2020). Дата обращения: 20 февраля 2021. Архивировано 20 августа 2020 года.
↑Лидия Горборукова, Константин Куркин.Речной вокзал бросил якорь. Новый терминал для круизных судов построят недалеко от Большого Обуховского моста (неопр.). Коммерсантъ (20 октября 2017). Дата обращения: 5 февраля 2018. Архивировано 5 февраля 2018 года.
Глушкова В. Г. От Москвы до Твери. Речное путешествие / Рец. д.г.н., проф. А. И. Алексеев, к.ф.н. Д. Н. Ващенко. — Исторический путеводитель. — М.: Вече, 2006. — 480 с. — 3000 экз. — ISBN 5-9533-1412-4.
Глушкова В. Г. Путешествие из Москвы в Ярославль. Москва — Сергиев-Посад — Переславль-Залесский — Ростов Великий — Ярославль / Рец. д.г.н., проф. А. И. Алексеев, к.ф.н. Д. Н. Ващенко. — Исторический путеводитель. — М.: Вече, 2007. — 416 с. — 4000 экз. — ISBN 978-5-9533-1858-7.