1983 — дело Йоханнеса Хинта (умер в заключении, реабилитирован в 1989 году)
1983 — назначен на должность старшего следователя по особо важным делам при Генеральном прокуроре СССР. Стал известен своим участием в расследовании «хлопкового дела» (хотя, по мнению Владимира Калиниченко, «Гдлян, которому зачастую приписывают „хлопковое дело“, никогда им не занимался и никакого отношения к нему не имел»[2]). В рамках данного дела были арестованы руководитель агропромышленного объединения Ахмаджан Адылов, ряд узбекских министров и партийных деятелей, отстранены от должности (1988 году) 1-й секретарь ЦК КП Узбекской ССР и Председатель Совета министров Узбекской ССР, а также произошли «странные» самоубийства Рузмета Гаипова и замминистра внутренних дел Узбекской ССР Давыдова.
1989 — в мае Прокуратура СССР возбудила уголовное дело по обвинению. Гдляна и Николая Иванова в нарушениях законности при проведении расследований в Узбекистане (бывший генпрокурор СССР Александр Сухарев и в 2011 году обвинял Гдляна и Иванова в получении показаний угрозами, фальсификации дел[3], отмечал: «Когда я был генеральным прокурором, моим последним делом было дело Гдляна и Иванова. Они, сотрудники прокуратуры, встали на путь коррупции. Это было для меня делом чести, хотя тогда были уже депутатами Верховного Совета»[4].) Дело прекращено в августе 1991 года «в связи с изменением политической обстановки»[3].
1990
В феврале исключён из КПСС. В апреле Верховный Совет СССР осудил «бездоказательные заявления народных депутатов СССР Т. Х. Гдляна и Н. В. Иванова»[5]. В апреле Гдлян уволен с должности старшего следователя по особо важным делам при Генеральном прокуроре СССР.
Создал и возглавил Народную партию России и Всероссийский фонд прогресса, защиты прав человека и милосердия.
19 августа по указанию ГКЧП был арестован сотрудниками КГБ и помещён в одну из казарм ВДВ[6], освобождён 21 августа, после провала "путча"[7].
1991—1994 — в соавторстве с коллегой Николаем Ивановым и журналистом Евгением Додолевым выпустил книги «Мафия времён беззакония», «Кремлёвское дело» и «Пирамида-2».
1992—1994 — возглавлял политический блок «Новая Россия», куда входили 10 партий и общественных организаций. Участник Конституционного совещания и член Общественной палаты при Президенте РФ.
1995 — в течение года вёл колонку в газете «Новый Взгляд»[8], где в свойственной ему экспрессивной манере писал про «сговор власти с „внутренним фашизмом“ — отечественной мафией».
1995—1999 — депутат Государственной думы II созыва по 192-му Бабушкинскому одномандатному избирательному округу г. Москвы. Являлся членом Комитета по международным делам и входил в состав постоянно действующей делегации Федерального Собрания РФ по связям с Европарламентом. Руководитель межпарламентской группы «Россия—Греция» и член депутатской группы Государственной Думы «Российские регионы».