Активно участвовал в «Павловской сессии»[3], в результате которой советская физиология оказалась изолированной от международного научного сообщества[4][5][6][7], в связи с чем замедлилось развитие генетики, физиологии, психологии, психиатрии[8].
С 1947 года работал в аппарате ЦК ВКП(б) — заведующий Отделом науки Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б), с июля 1947 — заведующий Сектором науки Отдела пропаганды и агитации ЦК ВКП(б).
В 1948 году окончил аспирантуру Института философии с защитой кандидатской диссертации по философии «Понятие гомологии в органической химии» и получил учёную степень кандидата философских наук[9].
10 апреля 1948 года Жданов сделал доклад «Спорные вопросы современного дарвинизма» в Политехническом музее, где он критиковал Трофима Лысенко. Это был семинар лекторов обкомов партии[10].
Узнав об этом, Лысенко написал жалобы Сталину и отцу Юрия Андрею Жданову. В результате 31 мая, на заседании Политбюро, Сталин взял Лысенко под защиту, и раскритиковал обоих Ждановых.
Затем последовала Августовская сессия ВАСХНИЛ (1948), где классическая генетика была объявлена дискредитированной. После этого многие учёные, занимавшиеся генетическими исследованиями, были уволены с работы. Покаянное письмо Юрия Жданова было опубликовано 7 августа 1948 года в «Правде», в день завершения сессии ВАСХНИЛ[10]. Вскоре, 31 августа 1948 года, отец Юрия умер от инфаркта в санатории ЦК ВКП(б).
Два года спустя на так называемой Павловской сессии Академии наук СССР и Академии медицинских наук СССР (июнь 1950 года), Жданов безоговорочно следовал политике Сталина, и подверг критике генетиков[10].
С декабря 1950 — заведующий Отделом науки и высших учебных заведений ЦК ВКП(б) — КПСС, с июля 1952 до 25 марта1953 года — заведующий Отделом естественных и технических наук и высших учебных заведений ЦК КПСС. На XIX съезде КПСС (октябрь 1952 г.) был избран членом ЦК КПСС.
Принимал участие в политике государственного антисемитизма в поздние сталинские годы. Так, в октябре 1950 года Жданов в служебной записке на имя Суслова писал о ряде советских учёных, внёсших огромный вклад в развитие советской науки и техники, в частности, в развитие ракетно-ядерного оружия в СССР, следующее: «В некоторых отраслях науки сложились монопольные группы учёных, зажимающих развитие новых научных направлений и являющихся серьёзной помехой в деле выдвижения и роста молодых научных кадров. Так, например, среди теоретиков-физиков и физико-химиков сложилась монопольная группа: Ландау, Леонтович, Фрумкин, Гинзбург, Лившиц, Гринберг, Франк, Компанеец, Мейман и др. Все теоретические отделы физических и физико-химических институтов укомплектованы сторонниками этой группы, представителями еврейской национальности»[11].
В 1957 году защитил вторую кандидатскую диссертацию[12], ему была присвоена учёная степень кандидата химических наук и звание доцента[9].
С 1957 по 1988 годы работал ректором Ростовского государственного университета. Бывший заместитель Ю. А. Жданова проф. В. И. Седлецкий отмечал, что оставление Ждановым должности ректора РГУ произошло вследствие того, что с началом перестройки против него, «исходя только из-за фамилии» и отца, началась травля[13].
В 1960 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора химических наук[14] и в 1961 году был утверждён в учёном звании профессора[9].
С 1962 по 1995 год — заведующий кафедрой химии природных и высокомолекулярных соединений Ростовского государственного университета.
С 1969 года — председатель совета Северо-Кавказского научного центра высшей школы.
Супруга — Светлана Аллилуева, дочь И. В. Сталина. В браке с апреля 1949 года до осени 1952 года. Вспоминал, что впервые увидел Светлану «на подмосковной даче Сталина в Зубалово, на Рублевском шоссе, куда летом 1934 года была приглашена семья секретаря Горьковского крайкома партии Андрея Жданова. Тогда мне шел 15-й год, Светлане было всего восемь. Затем долгое время не виделись. А в 1948 году встретились на вечеринке у балерины Ольги Лепешинской, которая тоже жила в Доме правительства. К тому времени, после развода с Григорием Морозовым, Светлана осталась с трёхлетним сыном Осей, а я был холостым демобилизованным майором, ассистентом МГУ»[16].
В марте 1964 года я был в Дагестане в Махачкале с комиссией министерства по проверке работы университета. Комиссию возглавлял Юрий Жданов (сын А. А. Жданова и муж Светланы Сталиной), ректор Ростовского университета. Человек он был образованный, свободно говорил на двух иностранных языках, прекрасно играл на рояле, держался просто, без зазнайства (из «Записок-воспоминаний» А. Б. Шидловского)[20].
По отзыву проф. В. И. Седлецкого о Жданове: «Всё-таки он больше философ, чем химик. И, вообще говоря, он естествоиспытатель и энциклопедически образованный человек». По свидетельству Седлецкого, в высшем руководстве страны обсуждался вопрос о возглавлении Ждановым Ленинградского государственного университета, который носил в то время имя его отца, из-за чего такое назначение посчитали некорректным[13].
Важнейшие научные работы Ю. А. Жданова посвящены органической химии и философским проблемам естествознания. В 1960-е годы разработал новые методы синтеза C-гликозидов некоторых сахаров. Осуществил синтез пирилиевых солей, сконденсированных с фурановым и тиофеновым циклами. В 1974 году открыл (совместно с В. И. Минкиным и Л. П. Олехновичем) явление ацилотропии — быстрой обратимой миграции ацильных групп между нуклеофильными центрами в молекулах органических соединений[21][22].
Философские и методологические работы Юрия Жданова посвящены анализу тенденций развития химии (прежде всего органической), рассмотрению соотношения структуры и динамики систем, а также проблемы химической эволюции материи.
Им подготовлены несколько докторов и несколько десятков кандидатов наук[9].
В 2011 году перед входом в здание Зональной научной библиотеки ЮФУ установлен бюст Юрия Андреевича Жданова[27]. Сама библиотека также носит имя Жданова.
На зданиях, где работал и жил Жданов, а также на здании библиотеки — установлены мемориальные доски.
Также памятная доска учёному установлена на химическом факультете Южного федерального университета.[28]
В новом микрорайоне Ростова-на-Дону (Левенцовском) именем Ю. А. Жданова названа улица.
↑Сталин И.В.Письмо Ю. А. Жданову 6 октября 1949 года // Полное собрание сочинений / Составители тома: М. Н. Грачёв, А. Е. Кирюнин, Р. И. Косолапов, Ю. А. Никифоров, С. Ю. Рыченков. — 2005. — Т. 18. Архивировано 12 июня 2009 года.
↑Windholz G. (1997) 1950 Joint Scientific Session: Pavlovians as the accusers and the accused. J Hist Behav Sci 33: 61—81.
↑Brushlinsky A (1997) The «Pavlovian» session of the two academies. European Psychologist 2: 102—105 Special issue: 100 Years After Ivan P. Pavlov’s The Work of the Digestive Glands.
↑Почётные доктора и профессора Московского университета // Московский университет. Ежегодник-2003 / Под общей ред. В. А. Садовничего и В. И. Ильченко. — М.: Изд-во МГУ, 2005. — С. 198. — 816 с. — (Архив Московского университета). — 1000 экз. — ISBN 5-211-05127-0.
Кислицын С. А. Юрий Жданов: рядом со Сталиным, Шолоховым, Ильенковым («в вечных скитаниях, вечных борениях»). — М., 2012 (фрагмент: Ю. А. Жданов как историк (навстречу 100-летию со дня рождения) // Известия высших учебных заведений. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. — 2017. — № 1).
В кругу Ю. А. Жданова: учителя, сподвижники, ученики / отв. ред. Ю. Г. Волков. — 2-е изд. — М.; Ростов н/Д: Социально-гуманитарные знания, 2013. — 389 с.