В студенческие годы также выступал в Премьер-лиге развития ЮСЛ: в 2005 и 2006 годах — за клуб «Ди Эф Дабл-ю Торнадос», в 2007 году — за клуб «Каролина Динамо»[2].
18 января 2008 года на Супердрафте MLS 2008 Салинас был выбран во втором раунде под общим 15-м номером вновь образованным клубом «Сан-Хосе Эртквейкс»[3][4][5]. Клуб подписал контракт с ним 14 марта 2008 года[6][7]. Его профессиональный дебют состоялся 3 апреля 2008 года в матче первого тура сезона 2008 против «Лос-Анджелес Гэлакси». Летом того же года он находился в краткосрочной аренде в клубе Первого дивизиона ЮСЛ[англ.] «Чарлстон Бэттери», сыграв в одном матче: против «Портленд Тимберс» 9 августа 2008 года[2]. 18 октября 2008 года в матче против «Канзас-Сити Уизардс» забил свой первый гол в профессиональной карьере[8][9].
Клуб «Филадельфия Юнион» выбрал Салинаса на Драфте расширения MLS 2009, состоявшемся 25 ноября 2009 года[10][11][12][13]. За пенсильванский клуб он дебютировал 10 апреля 2010 года в матче против «Ди Си Юнайтед». Той же весной отправился в краткосрочную аренду в клуб Второго дивизиона ЮСЛ[англ.] «Харрисберг Сити Айлендерс»: 17 апреля 2010 года сыграл в матче первого тура сезона 2010 против «Ричмонд Кикерс»[2]. 29 мая 2010 года в матче против «Хьюстон Динамо» забил свой первый гол за «Филадельфию Юнион». В июле 2010 года у него произошёл стрессовый перелом левой малоберцовой кости, из-за которого он пропустил два месяца[14].
24 ноября 2010 года на Драфте расширения MLS 2010 Салинас был выбран клубом «Ванкувер Уайткэпс»[15][16][17][18][19]. Дебютировал за «Уайткэпс» 27 апреля 2011 года в матче первенства Канады против «Монреаль Импакт»[20]. 27 августа 2011 года в матче против «Хьюстон Динамо» забил свой первый гол за «Уайткэпс»[21].
30 ноября 2011 года «Сан-Хосе Эртквейкс» вернул Салинаса, приобретя его за распределительные средства[22][23][24][25][26]. 14 апреля 2012 года в матче против «Нью-Йорк Ред Буллз» игрок соперников Рафаэль Маркес грубо сфолил на Салинасе, сломав ему левую ключицу[27][28][29], что выбило его из строя почти на два месяца[30]. 17 сентября 2013 года в матче группового этапа Лиги чемпионов КОНКАКАФ 2013/14 против «Монреаль Импакт» он забил гол[31][32]. 21 июня 2016 года Салинас подписал новый многолетний контракт с «Сан-Хосе Эртквейкс»[33][34][35]. 3 декабря 2020 года Салинас подписал с «Сан-Хосе Эртквейкс» новый однолетний контракт с опцией продления[36]. 28 сентября 2022 года Шей Салинас объявил о завершении футбольной карьеры по окончании сезона 2022[37][38][39].