В ноябре 1976 года был призван на службу в Армию обороны Израиля. Исполнял ряд оперативных должностей в 504-м подразделении военной разведки, ответственном за сбор информации через агентурные сети и осведомителей в странах арабского мира[2]. В 1990 году, по окончании учёбы на факультете юриспруденции Тель-Авивского университета, перешёл на службу в Военной прокуратуре. В 1991 году возглавил Военное обвинение округа Иудея.
В 1993 году вернулся в 504-е подразделение на должность командира северного округа подразделения. В 1996 году вновь перешёл в Военную прокуратуру на пост заместителя Главного военного обвинителя.
В сентябре 2004 года Эфрони был назначен заместителем Главного военного прокурора. В этой должности, помимо прочего, координировал структурную реформу Военной прокуратуры[3] и курировал реформу дисциплинарного права в армии[4].
В ноябре 2009 года окончил службу на посту и вскоре вышел в запас из армии. Занимал пост заместителя генерального директора американской компании, занимающейся реализацией крупных инфраструктурных проектов[5].
24 августа 2011 года было принято решение о назначении Дани Эфрони следующим Главным военным прокурором на смену уходящему в запас генерал-майору Авихаю Мандельблиту[6][7]. Эфрони вступил на пост 15 сентября 2011 года[8]. 27 сентября 2012 года он был повышен в звании до генерал-майора[9].
На посту Главного военного прокурора Эфрони занимался, помимо прочего, укреплением способностей подразделения в оказании правовой консультационной поддержки оперативным армейским подразделениям, а также в надзоре за соблюдением норм закона при ведении боевых действий, что отразилось на деятельности Военной прокуратуры в ходе операций «Облачный столп», «Возвращайтесь, братья» и «Нерушимая скала»[10]. При Эфрони юридические советники Военной прокуратуры были назначены в штабы армейских подразделений до уровня дивизии, а в Генштабе был также учрежден механизм рассмотрения жалоб о нарушении военнослужащими Армии обороны Израиля правил ведения боевых действий[10][11].
По инициативе Эфрони в Израиле состоялся съезд главных военных прокуроров и правовых специалистов из разных стран для обсуждения развития международного гуманитарного права[10].
Также при Эфрони были совершены поправки в Законе военного судопроизводства 1955 года (ивр.חוק השיפוט הצבאי, התשט"ו-1955), необходимые для приведения закона в соответствие с современной действительностью, а также пересмотрены некоторые регламенты Военной прокуратуры в сфере правоприменительной деятельности[10].
В период деятельности Эфрони на посту Главного военного прокурора возросло количество уголовных дел, возбуждённых по указанию Военной прокуратуры относительно деятельности военнослужащих Армии обороны Израиля в ходе боевых действий: только в отношении операции «Нерушимая скала» была произведена доследственная проверка не менее 190 жалоб о совершении уголовных преступлений, и возбуждено не менее 22 уголовных дел[13].
17 августа 2015 года было опубликовано сообщение о решении министра обороны Моше (Боги) Яалона назначить Шарона Афека преемником Эфрони на посту Главного военного прокурора[14]. 22 октября 2015 года Эфрони передал командование Военной прокуратурой бригадному генералу Шарону Афеку накануне выхода в запас из армии[15].
В 2018 году Эфрони был удостоен звания «Рыцарь качественной власти» (ивр.אביר איכות השלטון), присваиваемого израильской некоммерческой организацией «Движение за качественную власть в Израиле»[16]. Как следует из сообщения о присвоении звание было присвоено Эфрони за «приверженность демократическим ценностям и в рамках Армии обороны Израиля, безграничную преданность безопасности Государства Израиль, непреклонность перед давлением со стороны высокопоставленных представителей политического эшелона и армейского командования, решимость в защите верховенства закона в Армии обороны Израиля и продвижение реформ в правовой системе армии с профессионализмом и высокой степенью ответственности»[17].
האלוף דן עפרוני הצבא בצבת המשפט? משפט וצבא 21(א) (התשע"א), ז (Генерал-майор Дан Эфрони, «Армия в правовых тисках?», «Мишпат ве-цава» № 21(а) (2015), с. 7) (Архивная копия от 14 ноября 2022 на Wayback Machine) (иврит)