Beta-propeler
| |||||||||
| Trakasti dijagram C-terminalnog WD40 domena proteina Tup1 (transkripcionog korepresora kod kvasca), koji poprima oblik beta-propelera sa sedam lopatica. Traka je obojena od plavog N-terminusa do crvenog C-terminusa.[1] | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | WD40 | ||||||||
| Pfam | PF00400 | ||||||||
| Pfam klan | CL0186 | ||||||||
| InterPro | IPR001680 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00574 | ||||||||
| SCOP | 1gp2 | ||||||||
| Superfamilija | 1gp2 | ||||||||
| CDD | cd00200 | ||||||||
| |||||||||
U strukturnoj biologiji, beta-propeler je tip sve-β proteinskog savijanja koje ima oblik beta ravni sa karakterističnom grupom od 4 do 8 lopatica koje su torusno raspoređene oko centralne ose. Svaka ravan tipično ima četiri antiparalna β-lanca. Oni su povijeni tako da su prvi i četvrti lanac skoro međusobno normalni. Aktivno mesto enzima se obično nalazi u otvoru formiranom u centru propelera od petlji koje povezuju uzastopne četvorolančane motive. Murzin je predložio geometrijski model za opisivanje strukturnih principa beta propelera.[2] Po tom modelu propeler sa sedam lopatica je najpovoljniji sa geometrijskog gledišta.
- SCOP 4-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 5-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 6-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 7-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- SCOP 8-bladed beta propellers Arhivirano 2012-03-05 na Wayback Machine-u
- ↑ PDB 1erj; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (June 2000). „Structure of the C-terminal domain of Tup1, a corepressor of transcription in yeast”. EMBO J. 19 (12): 3016–27. DOI:10.1093/emboj/19.12.3016. PMC 203344. PMID 10856245.
- ↑ Murzin AG (October 1992). „Structural principles for the propeller assembly of beta-sheets: the preference for seven-fold symmetry”. Proteins 14 (2): 191–201. DOI:10.1002/prot.340140206. PMID 1409568.
- Branden C, Tooze J. (1999). Introduction to Protein Structure 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY.