Shumica e popullsisë së Timorit Lindor është e krishterë, dhe Kisha Katolike është institucioni fetar mbizotërues, megjithëse nuk është zyrtarisht feja shtetërore . Ka edhe komunitete të vogla myslimane protestante dhe sunite .
Kushtetuta e Timorit Lindor mbron lirinë e fesë dhe përfaqësuesit e komuniteteve katolike, protestante dhe myslimane në vend raportojnë përgjithësisht marrëdhënie të mira, megjithëse anëtarët e grupeve të komunitetit herë pas here përballen me pengesa burokratike, veçanërisht në lidhje me marrjen e certifikatave të martesës dhe lindjes.