Muzakajt vinin nga zona e Oparit ku ata kishin zotërimet fillestare të tyre. [1] Historiania bizantine Ana Komnena përmend e para emrin e një fisniku nga familja Muzaka i cili rreth vitit 1090 ishte ndër komandantët më të besuar të perandorit Aleksi I Komneni. Gjoni I Muzaka u shqua si një ndër krerët kryesorë të qëndresës në luftërat kundër Anzhuinëve të Napolit në vitet 1273-1281. Në fund të shekullit XIII Muzakajt siguruan prona të shumta në krahinat e Skraparit, Këlcyrës, Beratit dhe Korçës.[2]
Më vonë u afruan me Anzhuinët dhe Papatin i cili qe në krye të koalicionit kundër mbretërisë serbe. Muzakajt organizuan qëndresë kundër ekspansionit serb në trojet shqiptare dhe për këtë u vlerësuan nga perandori i Bizantit me prona e tituj fisnikërie. I pari i derës së Muzakajve, Andrea II, mori titullin despot, i cili në hierarkinë bizantine ishte i dyti pas atij të perandorit. Nën drejtimin e despotit Andrea II, Muzakajt u vunë në krye të lëvizjeve antibizantine të viteve 1335-1341. Pas shtypjes së kryengritjeve antibizantine shumë fisnikë Muzakaj u shpronësuan dhe u dëbuan. [3] Në kohën e pushtimeve të Car Dushani, Muzakajt ishin në luftë të vazhdueshme me qeveritarin sllav të zonës së Beratit dhe Vlorës, madje i morën Beratin dhe e detyruan të ndërronte selinë.[4]
Pas vdekjes së Dushanit dhe shkatërrimit të perandorisë së tij, Muzakajt i zgjeruan zotërimet e tyre në drejtim të Korçës dhe Devollit duke dëbuar prej andej sundimtarët serbë. Më pas morën Vlorën dhe Kaninën por ia kaluan këto Balshajve pas lidhjes së krushqisë me ta. Me ndihmën e Balshajve, Muzakajt thyen ushtrinë e mbretit serb Vukashin dhe morën Kosturin. [5]
Vdekja e Aleksit II dobëzoi Muzakajt. Zotërimet e tyre u ndanë midis tre bijve të Aleksit: Gjinit, Teodorit dhe Stojës. Me shfaqjen e osmanëve zotërimet e tyre u tkurrën. Pas disfatës së osmanëve në Ankara (1402) Muzakajt rimëkëmbën përkohësisht një pjesë të zotërimeve të tyre, por pas rifillimit të sulmeve osmane u kthyen në vasalë të tyre. [6] Pas vdekjes së Gjon Muzakës, tokat e Muzakajve u ndanë në 3 pjesë.
Progon Dukagjini, më vonë i quajtur Ahmed Pashë Dukagjini, Vizieri i Madh i Perandorisë Osmane, martoi Gevhershah Hanëmsulltan, mbesën e Bajazitit II, më pas martoi Hafize Sulltanën, motrën e Sulejmanit të Madhërishëm
Muzakajt kane qene sundimtaret e qytetit të Beratit dhe të gjithe fushës e cila mori emrin e tyre, Muzaki (Myzeqeja). Origjina e tyre është nga Opari (Korça). Nder më të nderuarit ndër ta ishte :