Actinomycetota

Actinomycetota
Skenirajuća elektronska mikrografija Actinomyces israelii.
Naučna klasifikacija
Domen:	Bacteria
Tip:	Actinobacteria
Klasa:	Actinobacteria Goodfellow 2021[1]
Tipski rod
Actinomyces Harz 1877 (odobrene liste 1980)
Klase[2]
"Aquicultoria" "Geothermincolia" "Humimicrobiia" Acidimicrobiia Actinomycetia Coriobacteriia Nitriliruptoria Rubrobacteria Thermoleophilia
Sinonimi
"Actinobacteraeota" Oren et al. 2015 "Actinobacteria" Goodfellow 2012[3] "Actinobacteria" Margulis 1974 ex Cavalier-Smith 2020 "Actinobacteria" Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997 "Actinobacteriota" Whitman et al. 2018 "Actinomycetes" Krasil'nikov 1949

Actinomycetota (ili Actinobacteria) su raznovrstan razdeo gram-pozitivnih bakterija sa visokom G+C sadržajem.^[4] One mogu biti kopnene ili vodene.^[5] One su od velikog ekonomskog značaja za ljude jer poljoprivreda i šume zavise od njihovog doprinosa sistemima zemljišta. U zemljištu pomažu u razgradnji organske materije mrtvih organizama, tako da biljke mogu ponovo da preuzmu molekule. Dok ovu ulogu igraju i gljive, Actinomycetota su mnogo manje i verovatno ne zauzimaju istu ekološku nišu. U ovoj ulozi kolonije često formiraju ekstenzivnu miceliju, kao što bi to činile gljive, i naziv važnog reda razdela, Actinomycetales (aktinomicete), odražava da se dugo verovalo da su to gljive. Neke zemljišne aktinomicetote (kao što je Frankia) žive u simbiozi sa biljkama čije korenje prožima tlo, fiksirajući azot za biljke u zamenu za pristup nekim od biljnih saharida. Druge vrste, kao što su mnogi pripadnici roda Mycobacterium, su važni patogeni.

Osim velikog interesovanja za Actinomycetota zbog njihove uloge u tlu, mnogo toga tek treba da se nauči o njima. Iako su trenutno izučene prvenstveno kao bakterije u tlu, moguće je da ih ima više u slatkim vodama.^[6] Actinomycetota je jedna od dominantnih bakterijskih vrsta i sadrži jedan od najvećih bakterijskih rodova, Streptomyces.^[7] Streptomyces i druge actinomicetote su glavni doprinosioci biološkog puferiranja zemljišta.^[8]

Actinomycetota rod Bifidobacterium je najčešća bakterija u mikrobiomu ljudske odojčadi.^[9] Iako odrasli imaju manje bifidobakterija, crevne bifidobakterije pomažu u održavanju mukozne barijere i smanjenju sadržaja lipopolisaharida u crevima.^[10]

Iako neke od najvećih i najsloženijih bakterijskih ćelija pripadaju razdelu Actinomycetota, grupa morskih Actinomarinales je opisana da poseduje najmanje slobodno živeće prokariotske ćelije.^[11]

Za neke sibirske ili antarktičke aktinomicetote se kaže da su najstariji živi organizami na Zemlji, zamrznuti u permafrostu pre oko pola miliona godina.^[12][13] Simptomi života otkriveni su oslobađanjem ${\displaystyle {\ce {CO2}}}$ iz uzoraka permafrosta od 640 kya ili mlađih.^[14]

Filogenija

Filogenija zasnovana na celom genomu[15]	16S rRNA bazirana LTP_12_2021[16][17][18]	GTDB 08-RS214[19][20][21]
Actinomycetota   Rubrobacteria       Thermoleophilia       Coriobacteriia       Acidimicrobiia       Nitriliruptoria     Actinomycetia             spoljašnja grupa Chloroflexota	Rubrobacteria       Thermoleophilia       Coriobacteriia         Acidimicrobiia     Nitriliruptoria       Actinomycetia	"Humimicrobiia"     "Aquicultoria"       Coriobacteriia         "Geothermincolia"         Rubrobacteria     Thermoleophilia         Acidimicrobiia     Actinomycetia   Nitriliruptoridae     Actinobacteridae

Taksonomija

Trenutno prihvaćena taksonomija je zasnovana na Listi prokariotskih imena sa evidencijom u nomenklaturi (LPSN)[1] i Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI).^[22]

• Klasa ?"Syntrophaliphaticia" corrig. Liu et al. 2020
• Klasa "Aquicultoria" Jiao et al. 2021
• Klasa "Geothermincolia" Jiao et al. 2021
• Klasa "Humimicrobiia" Jiao et al. 2021
• Klasa Acidimicrobiia Norris 2013
• Klasa Actinomycetia (Stackebrandt et al. 1997) Salam et al. 2020 (Nitriliruptoria Ludwig et al. 2013)
  • Podklasa Actinobacteridae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997
  • Podklasa Nitriliruptoridae Kurahashi et al. 2010
• Klasa Coriobacteriia König 2013
• Klasa Rubrobacteria Suzuki 2013
• Klasa Thermoleophilia Suzuki and Whitman 2013

Reference

1. Oren A, Garrity GM (2021). „Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes”. Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. PMID 34694987. S2CID 239887308. doi:10.1099/ijsem.0.005056 . 
2. Euzéby JP, Parte AC. „Actinobacteria”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Архивирано из оригинала 6. 5. 2021. г. Приступљено 7. 6. 2021. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
3. Goodfellow M (2012). „Phylum XXVI. Actinobacteria phyl. nov.”. Ур.: Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Suzuki K, Ludwig W, Whitman WB. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 5 (2nd изд.). New York, NY: Springer. стр. 33—34. 
4. Gao B, Gupta RS (март 2012). „Phylogenetic framework and molecular signatures for the main clades of the phylum Actinobacteria”. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 76 (1): 66—112. PMC 3294427 . PMID 22390973. doi:10.1128/MMBR.05011-11. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
5. Servin JA, Herbold CW, Skophammer RG, Lake JA (јануар 2008). „Evidence excluding the root of the tree of life from the actinobacteria”. Mol. Biol. Evol. 25 (1): 1—4. PMID 18003601. doi:10.1093/molbev/msm249 . CS1 одржавање: Формат датума (веза)
6. Ghai R, Rodriguez-Valera F, McMahon KD, Toyama D, Rinke R, Cristina Souza de Oliveira T, et al. (2011). Lopez-Garcia P, ур. „Metagenomics of the water column in the pristine upper course of the Amazon river”. PLOS ONE. 6 (8): e23785. Bibcode:2011PLoSO...623785G. PMC 3158796 . PMID 21915244. doi:10.1371/journal.pone.0023785 . 
7. Hogan CM (2010). „Bacteria”. Ур.: Draggan S, Cleveland CJ. Encyclopedia of Earth. Washington DC: National Council for Science and the Environment. Архивирано из оригинала 2011-05-11. г. 
8. Ningthoujam DS, Sanasam S, Tamreihao K, Nimaichand S (новембар 2009). „Antagonistic activities of local actinomycete isolates against rice fungal pathogens”. African Journal of Microbiology Research. 3 (11): 737—742. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
9. Turroni F, Peano C, Pass DA, Foroni E, Severgnini M, Claesson MJ, Kerr C, Hourihane J, Murray D, Fuligni F, Gueimonde M, Margolles A, De Bellis G, O'Toole PW, van Sinderen D, Marchesi JR, Ventura M (2012-05-11). „Diversity of bifidobacteria within the infant gut microbiota”. PLOS ONE. 7 (5): e36957. Bibcode:2012PLoSO...736957T. PMC 3350489 . PMID 22606315. doi:10.1371/journal.pone.0036957 . 
10. Pinzone MR, Celesia BM, Di Rosa M, Cacopardo B, Nunnari G (2012). „Microbial translocation in chronic liver diseases”. International Journal of Microbiology. 2012: 694629. PMC 3405644 . PMID 22848224. doi:10.1155/2012/694629 . 
11. Ghai R, Mizuno CM, Picazo A, Camacho A, Rodriguez-Valera F (2013). „Metagenomics uncovers a new group of low GC and ultra-small marine Actinobacteria”. Scientific Reports. 3: 2471. Bibcode:2013NatSR...3E2471G. PMC 3747508 . PMID 23959135. doi:10.1038/srep02471. 
12. Sample I (2. 5. 2010). „The oldest living organisms: ancient survivors with a fragile future”. The Guardian. Архивирано из оригинала 2013-03-02. г. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
13. Hanson J. „The oldest living thing in the world”. It's Okay to be Smart. Архивирано из оригинала 2018-07-13. г. Приступљено 2018-07-13. 
14. Johnson SS, Hebsgaard MB, Christensen TR, Mastepanov M, Nielsen R, Munch K, et al. (септембар 2007). „Ancient bacteria show evidence of DNA repair”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (36): 14401—14405. Bibcode:2007PNAS..10414401J. PMC 1958816 . PMID 17728401. doi:10.1073/pnas.0706787104 . CS1 одржавање: Формат датума (веза)
15. Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Markus Göker M (2018). „Genome-Based Taxonomic Classification of the Phylum Actinobacteria”. Front. Microbiol. 9: 2007. PMC 6113628 . PMID 30186281. doi:10.3389/fmicb.2018.02007 . 
16. „The LTP”. Архивирано из оригинала 14. 6. 2021. г. Приступљено 23. 2. 2021. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
17. „LTP_all tree in newick format”. Архивирано из оригинала 28. 2. 2022. г. Приступљено 23. 2. 2021. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
18. „LTP_12_2021 Release Notes” (PDF). Архивирано (PDF) из оригинала 28. 2. 2022. г. Приступљено 23. 2. 2021. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
19. „GTDB release 08-RS214”. Genome Taxonomy Database. Архивирано из оригинала 26. 10. 2022. г. Приступљено 10. 5. 2023. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
20. „bac120_r214.sp_label”. Genome Taxonomy Database. Архивирано из оригинала 16. 5. 2023. г. Приступљено 10. 5. 2023. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
21. „Taxon History”. Genome Taxonomy Database. Архивирано из оригинала 1. 11. 2021. г. Приступљено 10. 5. 2023. CS1 одржавање: Формат датума (веза)
22. Schoch CL, Ciufo S, Domrachev M, Hotton CL, Kannan S, Khovanskaya R, et al. „Actinobacteria”. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Архивирано из оригинала 2021-04-17. г. Приступљено 2021-03-20. 

Literatura

• Baltz RH (2005). „Antibiotic discovery from Actinomycetes: Will a renaissance follow the decline and fall?”. SIM News. 55: 186—196. 
• Baltz RH (2007). „Antimicrobials from Actinomycetes: Back to the Future”. Microbe. 2 (3): 125—131. Архивирано из оригинала 2013-12-31. г. 
• Pandey B, Ghimire P, Agrawal VP (12—15. 1. 2004). Studies on the antibacterial activity of the Actinomycetes isolated from the Khumbu Region of Nepal (PDF). International Conference on the Great Himalayas: Climate, Health, Ecology, Management and Conservation. Kathmandu. Архивирано из оригинала (PDF) 2013-08-10. г. CS1 одржавање: Формат датума (веза)

Spoljašnje veze

• Actinomycetes genome database