BacDive

BacDive
Лого сајта BacDive
Садржај
Описинформације о сојевима бактерија и археја
Типови бележених
података		метаподаци
Контакт
Истраживачки
центар		Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH
Примарни изворPMID 26424852
Датум покретања2012. (2012).
Приступ
Веб-сајтhttp://bacdive.dsmz.de/
Веб-сервисhttp://bacdive.dsmz.de/api/

BacDive (Bacterial Diversity Metadatabase) мета је база података бактерија која пружа информације о биодиверзитету бактерија и археја.

Опис

[уреди | уреди извор]

BacDive је извор разних врста метаподатака, као што је таксономија, морфологија, физиологија, окружење и молекуларна биологија бактерија.[1][2][3][4][5] Већина података се ручно обележава и одржава. Верзија од септембра 2015. пружала је информације за око 54.000 сојева.[6] Базу података хостује Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH и припада de.NBI — Немачкој мрежи биоинформатичке инфраструктуре.

Садржај и одлике

[уреди | уреди извор]

База података

[уреди | уреди извор]

Септембра 2015. база података је имала 233 различита поља за унос података, подељена у категорије „Име и таксономска класификација”, „Морфологија и физиологија”, „Култура и услови раста”, „Изолација, узорци и информације о окружењу”, „Апликација и интеракција”, „Молекуларна биологија” и „Доступност соја”. База података је имала око 300.000 уноса, повезаних са одговарајућим сојем и референцом.[6] Подаци се преузимају из унутрашњих описа збирки култура бактерија, зборника које су саставили експерти и примарне научне литературе.

Приступ подацима

[уреди | уреди извор]

Подацима се може приступити или преко GUI-ја или преко веб-сервиса RESTful. Користећи GUI кориснички интерфејс корисник може одабрати између једноставне претраге основних поља као што је таксономија или унос ID-а, или пак користити напредну претрагу у којој је омогућен преглед 35 поља за податке и комплексна претрага комбиновањем неколико поља. Подаци се могу преузети у формату PDF (за поједине сојеве) или CSV формати за веће сетове података (за вишеструке сојеве). Преко веб-сервисног портала Архивирано на сајту Wayback Machine (17. септембар 2016) доступан је не само садржај сајта BacDive већ и референтна листа Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date.

Остале базе података

[уреди | уреди извор]

За податке који су ван фокуса сајта BacDive, пружене су везе до других база података на којима је могуће пронаћи повезане податке о сојевима:

Референце

[уреди | уреди извор]
  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13. 10. 2013). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase”. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592—D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. 
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5. 12. 2013). „The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection”. Nucleic Acids Research. 42: D1—D6. PMC 3965027 Слободан приступ. PMID 24316579. doi:10.1093/nar/gkt1282. 
  3. ^ Cohan lab (23. 10. 2015). „DSMZ’s BacDive Bacterial Diversity Database”. 
  4. ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. стр. 448. 
  5. ^ Zhulin, I. B. (1. 8. 2015). „Databases for Microbiologists”. Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458—2467. doi:10.1128/JB.00330-15. 
  6. ^ а б Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30. 9. 2015). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016”. Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581—D585. PMC 4702946 Слободан приступ. PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983. 

Спољашње везе

[уреди | уреди извор]