Baza podataka konzerviranih domena

CDD
Kontent
Opis	Baza podataka konzerviranih domena za funkcionalnu anotaciju proteina
Kontakt
Istraživački centar	Nacionalni centar za biotehnološke informacije
Autori	Aron Marchler-Bauer
Primarni citat	Marchler-Bauer & al. (2011)
Datum objavljivanja	2003
Pristup
Veb stranica	ncbi.nlm.nih.gov
Alati
Razno

Baza podataka konzerviranih domena (CDD) je baza podataka dokumentovanih modela poravnavanja višestrukih sekvenci i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne domene i proteine pune dužine.^[1]

Sadržaj baze podataka

CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.

Reference

^ ^а ^б Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH (2011). „CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D225—9. PMC 3013737 . PMID 21109532. doi:10.1093/nar/gkq1189.

Spoljašnje veze

„Conserved Domains Database (CDD) and Resource Group”. United States National Center for Biotechnology Information.

[pmid21109532-1] а ^б Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH (2011). „CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D225—9. PMC 3013737 . PMID 21109532. doi:10.1093/nar/gkq1189.

[1]