DNK polimeraza III holoenzim

DNK polimeraza III holoenzim je primarni enzimski kompleks koji učestvuje u prokariotskoj replikaciji DNK. Thomas Kornberg i Malkolm Gefter su otkrili ovaj kompleks 1970. Kompleks je veoma efikasan, i.e. njegov broj dodatih nukleotida po vezivanju je visok. Pri replikaciji E.coli genoma on funkcioniše zajedno sa drugim DNK polimerazama (Pol I, Pol II, Pol IV, i Pol V). Kao primarni holoenzim procesa replikacije, DNK Pol III holoenzim takođe poseduje sposobnost korekture kojom se ispravljaju replikacione greške u 3'->5' smeru posredstvom dejstva egzonuklease. DNK Pol III je komponenta replizoma, koji je lociran na replikacionoj račvi.^[1][2]

Komponente

DNK polimeraza III, delta podjedinica atpgs vezan za e. coli kompleks vodiča klampe Identifikatori Simbol DNA_pol3_delta Pfam PF06144 Pfam klan CL0023 InterPro IPR010372 SCOP 1jql SUPERFAMILY 1jql Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary	DNK polimeraza III, delta podjedinica, C terminal adp vezan za e. coli kompleks vodiča klampe Identifikatori Simbol DNApol3-delta_C Pfam PF09115 InterPro IPR015199 SCOP 1a5t SUPERFAMILY 1a5t Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary	Bakterijska DNK polimeraza III, alfa podjedinica Identifikatori Simbol DNA_pol3_alpha Pfam PF07733 InterPro IPR011708 Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary DNA polimeraza III, podjedinica tau, domen IV Identifikatori Simbol DNA_pol3_tau_4 Pfam PF12168 InterPro IPR022001 Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary
DNK polimeraza III, teta podjedinica Struktura e. coli Pol III epsilon-hot korekcioni kompleks Identifikatori Simbol DNA_pol3_theta Pfam PF06440 InterPro IPR009052 SCOP 1du2 SUPERFAMILY 1du2 Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary	DNK polimeraza III, či podjedinica, HolC Kristalna struktura či i psi podjedinice heterodimera DNK Pol III Identifikatori Simbol DNA_pol3_chi Pfam PF04364 InterPro IPR007459 SCOP 1em8 SUPERFAMILY 1em8 Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary	DNK polimeraza III, tau podjedinica V u interakciji sa alfa Identifikatori Simbol DNA_pol3_tau_5 Pfam PF12170 InterPro IPR021029 Dostupne proteinske strukture: Pfam structures PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary

Replizom se sastoji od sledećeg:

• 2 DNK Pol III enzima, svaki od njih sadrži α, ε and θ podjedinice.
  • α podjedinica ima polimeraznu aktivnost.
  • ε podjedinica ima 3'-5' egzonukleaznu aktivnost.
  • θ podjedinica stimuliše korekturu ε podjecinice.
• 2 β jedinice omogučavaju pomeranje DNK klamfe
• 2 τ jedinice dimerizuju dva sržna enzima (α, ε, i θ podjedinice).
• 1 γ jedinica pomaže β podjedinicama pri vezivanju za DNK.
• Χ i Ψ formiraju 1:1 kompleks i vezuju se za γ ili τ.^[1]

Reference

1. Olson, M. W.; Dallmann, H. G.; McHenry, C. S. (1995). „DnaX complex of Escherichia coli DNA polymerase III holoenzyme. The chi psi complex functions by increasing the affinity of tau and gamma for delta.delta' to a physiologically relevant range”. The Journal of Biological Chemistry. 270 (49): 29570—29577. PMID 7494000. 
2. Kelman, Z.; O'Donnell, M. (1995). „Dna Polymerase III Holoenzyme: Structure and Function of a Chromosomal Replicating Machine”. Annual Review of Biochemistry. 64: 171. doi:10.1146/annurev.bi.64.070195.001131. 

Literatura

• Nicholas C. Price; Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third изд.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
• Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 изд.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
• Branden C; Tooze J. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0. 
• Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 изд.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
• William P. Jencks (1987). Catalysis in Chemistry and Enzymology. Dover Publications. ISBN 0486654605. 

Spoljašnje veze

• Pregled
• DNA+Polymerase+III на US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)