Peptidni maseni otisci prstiju

Peptidni maseni otisci prstiju (PMF) analitčka su tehnika za identifikaciju proteina u kojoj se nepoznati protein prvo preseca u manje peptide, čije apsolutne mase se mogu precizno meriti masenim spektrometrom, kao što je MALDI-TOF ili ESI-TOF.^[1] Metod je nezavisno razvilo nekoliko grupa 1993. godine.^{[2][3][4][5][6]} Peptidne mase se upoređuju sa bilo bazom podataka koja sadrži poznate proteinske sekvence ili sa genomom To se ostvaruje koristeći računarske programe koji transliraju poznati genom organizma u proteine, zatim teoretski presecaju proteine u peptide, i izračunavaju apsolutne mase peptida za svaki protein. Oni mobu da uporede mase peptida nepoznatog proteina sa teoretskim peptidnim masama svakog proteina kodiranog genomom. Rezultati se statistički analiziraju s ciljem nalaženje pandana.

Prednost ovog metoda je da samo mase peptida moraju da budu poznate. Dugotrajno de novo peptidno sekvenciranje nije neophodno. Nedostatak je da proteinska sekvenca mora da bude prisutna u bazi podataka. Dodatno većina PMF algoritama podrazumeva da peptidi potiču od jednog proteina.^[7] Prisustvo smeša može znatno da komplikuje analizu i da potencijalno kompromizuje rezultate. Potreba za izolacijom proteina je tipična za PMF baziranu identifikaciju proteina. Za smeše sa više od 2-3 proteina normalno je neophodna dodatna primena MS/MS bazirane proteinske identifikacije da bi se ostvarila dovoljna specifičnost identifikacije. Stoga su tipični PMF uzorci proteini koji su izolovani iz dvodimenzionalne gel elektroforeze (2D gelovi) ili izolovani SDS-PAGE bandovi. Dodatna MS/MS analiza može da bude bilo direktna, e.g., MALDI-TOF/TOF analiza ili nizvodna nanoLC-ESI-MS/MS analiza eluata segmentata gela.^[7][8]

Vidi još

• Proteinska masena spektrometrija

Reference

1. Clauser KR, Baker P, Burlingame AL (1999). „Role of accurate mass measurement (+/- 10 ppm) in protein identification strategies employing MS or MS/MS and database searching”. Anal. Chem. 71 (14): 2871—82. PMID 10424174. doi:10.1021/ac9810516. 
2. Pappin DJ, Hojrup P, Bleasby AJ (1993). „Rapid identification of proteins by peptide-mass fingerprinting”. Curr. Biol. 3 (6): 327—32. PMID 15335725. doi:10.1016/0960-9822(93)90195-T. 
3. Henzel WJ, Billeci TM, Stults JT, Wong SC, Grimley C, Watanabe C (1993). „Identifying proteins from two-dimensional gels by molecular mass searching of peptide fragments in protein sequence databases”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (11): 5011—5. Bibcode:1993PNAS...90.5011H. PMC 46643 . PMID 8506346. doi:10.1073/pnas.90.11.5011. 
4. Mann M, Højrup P, Roepstorff P (1993). „Use of mass spectrometric molecular weight information to identify proteins in sequence databases”. Biol. Mass Spectrom. 22 (6): 338—45. PMID 8329463. doi:10.1002/bms.1200220605. 
5. James P, Quadroni M, Carafoli E, Gonnet G (1993). „Protein identification by mass profile fingerprinting”. Biochem. Biophys. Res. Commun. 195 (1): 58—64. PMID 8363627. doi:10.1006/bbrc.1993.2009. 
6. Yates JR, Speicher S, Griffin PR, Hunkapiller T (1993). „Peptide mass maps: a highly informative approach to protein identification”. Anal. Biochem. 214 (2): 397—408. PMID 8109726. doi:10.1006/abio.1993.1514. 
7. Shevchenko A, Jensen ON, Podtelejnikov AV, Sagliocco F, Wilm M, Vorm O, Mortensen P, Shevchenko A, Boucherie H, Mann M (1996). „Linking genome and proteome by mass spectrometry: large-scale identification of yeast proteins from two dimensional gels”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (25): 14440—5. Bibcode:1996PNAS...9314440S. PMC 26151 . PMID 8962070. doi:10.1073/pnas.93.25.14440. 
8. Wang W, Sun J, Nimtz M, Deckwer WD, Zeng AP (2003). „Protein identification from two-dimensional gel electrophoresis analysis of Klebsiella pneumoniae by combined use of mass spectrometry data and raw genome sequences”. Proteome Science. 1 (1): 6. PMC 317362 . PMID 14653859. doi:10.1186/1477-5956-1-6. 

Spoljašnje veze

• Peptide mass fingerprinting