Johan Nilsson med olika stavningar kan syfta på någon av följande personer:
- Johan Nilsson Gyllenstierna (1569–1617), svensk amiral
- Johan Nilsson Gyllenstierna d.y. (1617–1690), svenskt riksråd
- Johan Nilsson Kock (1727–1807), svensk storbonde och företagare
- Johan Nilsson i Skravelsjö (1846–1904), svensk hemmansägare och riksdagsman
- Johan R. Nilsson (1867–1940), svensk kommunalpolitiker i Lidingö
- Johan Nilsson i Skottlandshus (1873–1963), svensk högerpolitiker, riksdagsman och talman i första kammaren
- Johan Nilsson (1874–1965), svensk redaktör och socialdemokratisk riksdagsman
- Johan Nilson (1884–1946), svensk folkpartistisk riksdagsman
- Johan Edvard Nilsson (1884–1951), svensk skolman och statsvetare
- Johan Nilsson (1889–1950), svensk målare och konservator
- Johan Nilsson (1890–1959), svensk brottare
- Johan Nilsson (född 1964), svensk författare och översättare
- Johan Ernst Nilson (född 1969), svensk äventyrare
- Johan Nilsson Guiomar (född 1985), svensk fotbollsspelare
- Johan Nilsson (verksam 1850), svensk orgelbyggare