Kustflottan sammanfördes till en sjöstyrka under gemensamt befäl första gången på västkusten i samband med unionskrisen 1904. Kustflottan var till år 1994 en marinmyndighet. Efter bildandet av myndigheten Försvarsmakten 1994, fanns Kustflottan kvar som förband till år 2000. Med försvarsbeslutet 2000 beslöts att den svenska kustflottan skulle utgå som sjöstyrka, vilket skedde den 30 juni 2000.
Kustflottan var ett utbildningsförband inom flottan som främst bestod av ytattack-, ubåts-, minerings- och minröjningsenheter. Utöver uppgiften att utbilda och öva fartygsbesättningar i fred, var förbandet en rörlig strategisk resurs som kunde utnyttjas för kraftsamling i ett visst område innan ett läge blev så allvarligt att ledningen övertogs av territoriell chef (chef för marinkommando eller motsvarande). Chefen för kustflottan hade konteramirals grad och disponerade en stab, Flaggen.
Sandberg, Bo (2007). Försvarets marscher och signaler förr och nu: marscher antagna av svenska militära förband, skolor och staber samt igenkännings-, tjänstgörings- och exercissignaler ([Ny uppl.]). Stockholm: Militärmusiksamfundet med Svenskt marscharkiv. Libris10413065. ISBN 978-91-631-8699-8