Fernández hoppade av till USA i juli 1995 när det kubanska landslaget var på turné där och skrev inför 1996 års säsong på ett treårskontrakt med San Francisco Giants i MLB.[5] Han spelade för Giants 1996–1997, men missade hela 1998 på grund av skada. 1999 spelade han bara fyra matcher för en farmarklubb till Giants. Han skrev därefter på för Cincinnati Reds, där han spelade 2000–2001. Följande säsong spelade han i Expos de Montréals och San Francisco Giants farmarklubbssystem. Han avslutade därefter karriären med tre säsonger i Liga Mexicana de Béisbol 2003–2005.