Río San Juan kan syfta på:
- Río Iruya, vattendrag, Salta, 22°54′00″S 64°31′00″V / 22.9°S 64.51667°V / -22.9; -64.51667 (Río Iruya)
- Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 4,07, long -77,44), 4°03′58″N 77°26′19″V / 4.06599°N 77.43851°V / 4.06599; -77.43851 (Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 4,07, long -77,44))
- Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 1,19, long -78,50), 1°11′13″N 78°30′13″V / 1.18687°N 78.50362°V / 1.18687; -78.50362 (Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 1,19, long -78,50))
- Río San Juan (kommun), María Trinidad Sánchez, 19°35′00″N 70°03′00″V / 19.58333°N 70.05°V / 19.58333; -70.05 (Río San Juan (kommun))
- Río San Juan (ort i Dominikanska republiken, María Trinidad Sánchez, lat 19,64, long -70,08), 19°38′38″N 70°04′35″V / 19.64385°N 70.07635°V / 19.64385; -70.07635 (Río San Juan (ort i Dominikanska republiken, María Trinidad Sánchez, lat 19,64, long -70,08))
- Río San Juan (vattendrag i Guatemala, Petén, lat 16,37, long -90,03), 16°22′00″N 90°02′00″V / 16.36667°N 90.03333°V / 16.36667; -90.03333 (Río San Juan (vattendrag i Guatemala, Petén, lat 16,37, long -90,03))
- Río Jicatuyo, vattendrag, Departamento de Santa Bárbara, 14°59′00″N 88°16′00″V / 14.98333°N 88.26667°V / 14.98333; -88.26667 (Río Jicatuyo)
- Río San Juan, Oaxaca, ort, San Juan Ñumí, 17°23′53″N 97°40′57″V / 17.39806°N 97.6825°V / 17.39806; -97.6825 (Río San Juan, Oaxaca)
- Río San Juan, vattendrag, 10°56′20″N 83°41′53″V / 10.93886°N 83.69796°V / 10.93886; -83.69796 (Río San Juan)
- Río San Juan (departement), 11°20′00″N 84°35′00″V / 11.33333°N 84.58333°V / 11.33333; -84.58333 (Río San Juan (departement))
- Río San Juan (vattendrag i Spanien), Kastilien och Leon, Provincia de Segovia, 41°17′34″N 3°50′31″V / 41.29285°N 3.84207°V / 41.29285; -3.84207 (Río San Juan (vattendrag i Spanien))